bwa基因測序

2021-10-24 02:32:53 字數 672 閱讀 9986

bwa 是一款將序列比對到參考基因組上的軟體。常用演算法是bwa-mem。

bwa-mem演算法在比對長度為70-100bp的序列時,效果比bwa-backtrack 演算法的效果更好。通常情況下,選擇bwa-mem演算法。

git clone 

cd bwa

make

make install

編譯失敗,需要yum其它源

(1)bwa建立索引:

方法一:

bwa index mm10.fasta
方法二:

bwa index  mm10.fasta -p genme
方法三:

bwa index -a bwtsw ref.fasta         #對於大基因組建立fm-index
方法四:

bwa index -a is ref.fasta             #對小基因組建立index,速度快,記憶體消耗大
(2)bwa序列比對,建立sam檔案

bwa mem -t 4 genome f2-19.1.fastq f2-19.2.fastq > f2-19.mem.sam

基因測序入門

scanpy分析單細胞資料 wishbone python scrna seq單細胞測序資料分析工具彙總 單細胞rnaseq的生物分析 一文極速讀懂 kegg 資料庫 ncbi national center for biotechnology information,美國國家生物技術資訊中心 除了...

基因測序行業

重點 由於基因測序產品出現同質化趨勢,行業或將面臨洗牌 基因測序儀產生的海量資料,以及資料與醫療健康的脫節,必將催生出大量專注於資料儲存 分析 解讀服務的公司 在基因 領域,中國尚處於起步階段,而在歐盟及美國,基因 受到科研 臨床 監管機構和投資者的熱捧 背景 基因測序產品 各家基因公司推出的基因產...

基因測序與高通量測序區別

基因測序是一種新型基因檢測技術,能夠從血液或唾液中分析測定基因全序列,罹患多種疾病的可能性,個體的行為特徵及行為合理,如癌症或白血病,運動天賦,酒量等。基因測序相關產品和技術已由實驗室研究演變到臨床使用,可以說基因測序技術,是下乙個改變世界的技術。普通的基因測序 指 常規dna測序 是用sanger...