bwa是乙個針對大型參考基因組(如人類基因組)繪製dna序列的軟體包。它包括三種演算法:bwa-backtrack, bwa-sw和bwa-mem。
假設已經按照了anaconda
conda install bwabwa index -a bwtsw hg19.fa-a bwtsw 大的基因組資料，必須大於10mb，比如人的全基因組
-a is 預設的演算法，速度較快，需要較大的記憶體，不能構建大於2gb的資料庫
結果如下
hg19.fasta.amb、hg19.fasta.ann、hg19.fasta.bwt、hg19.fasta.pac、hg19.fasta.sa對於bwa-backtrack呼叫aln/samse/sampe，
對於bwa-sw呼叫bwasw，
對於bwa-mem演算法呼叫mem。
對於70-100bp illumina讀數，bwa-mem比bwa-backtrack有更好的效能。
所以這裡使用的是men,雙端測序,"@rg\tid:40\tpl:illumina\tlb:wes\tsm:40"描述資訊，加上以免做變異檢測可能出錯
bwa mem -t 4-m
-r"@rg\tid:40\tpl:illumina\tlb:wes\tsm:40" $index $_1.fastq.gz $_2.fastq.gz > $.sam &
bwa軟體的使用
bwa軟體的使用 第一步 建立 index 根據reference genome data e.g.reference.fa 建立 index file root localhost bwa index a bwtsw human hg18 ref.fa human參考基因組18 第二步 尋找 sa...
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