bwa的使用需要兩個
輸入檔案
：reference genome data 和
short reads data
step 1: 建立 index
根據reference genome data 建立 index file
bwa index -a bwtsw reference.fa
構建索引時需要注意的問題：bwa構建索引有三種演算法，三種演算法都是基於bwt的，這三種演算法通過引數-a is 、－a div和-a bwtsw進行選擇。其中-a bwtsw對於短的參考序列是不工作的，必須要大於等於10mb；-a is（效果和-a div是一樣的）是預設引數，這個引數不適用於大的參考序列，必須要小於等於2g。
step 2: 尋找 sa coordinates
如果是 pair-end 資料（read_1.fq和read_2.fq）兩個檔案分別處理
bwa aln reference.fa read_1.fq > read_1.sai
bwa aln reference.fa read_2.fq > read_2.sai
如果是 single 資料（read.fq）
bwa aln reference.fa read.fq > read.sai
如果希望多執行緒執行，在其中加入 -t這個引數，另外-f這個引數可以指定結果輸出檔案，如:
bwa aln -t 3 -f read.sai reference.fa read.fq
主要引數說明：
-o int：允許出現的最大gap數。
-e int：每個gap允許的最大長度。
-d int：不允許在3』端出現大於多少bp的deletion。
-i int：不允許在reads兩端出現大於多少bp的indel。
-l int：read前多少個鹼基作為seed，如果設定的seed大於read長度，將無法繼續，最好設定在25-35，與-k 2 配合使用。
-k int：在seed中的最大編輯距離，使用預設2，與-l配合使用。
-t int：要使用的執行緒數。
-r int：此引數只應用於pair end中，當沒有出現大於此值的最佳比對結果時，將會降低標準再次進行比對。增加這個值可以提高配對比對的準確率，但是同時會消耗更長的時間，預設是32。
-i int：表示輸入的檔案格式為illumina 1.3+資料格式。
-b int：設定標記序列。從5』端開始多少個鹼基作為標記序列，當-b為正值時，在比對之前會將每個read的標記序列剪下，並將此標記序列表示在bc sam 標籤裡，對於pair end資料，兩端的標記序列會被連線。
-b ：指定輸入格式為bam格式。
step 3:轉換sa coordinates輸出為sam
如果是pair-end資料
bwa sampe -f pair-end.sam reference.fa read_1.sai read_2.sai read_1.fq read_2.fq
如果是single reads資料
bwa samse -f single.sam reference.fa read.sai read.fq
主要引數說明：
-a int：最大插入片段大小。
-o int：pair end兩reads中其中之一所允許配對的最大次數，超過該次數，將被視為
single end。降低這個引數，可以加快運算速度，對於少於30bp的read，建議降低-o值。
-r str：定義標頭檔案。同single end。
-n int：每對reads輸出到結果中的最多比對數
其他：
fai是對ref基因組檔案建的索引，方便軟體快速隨機讀取基因組序列sai是將fastq比對後出來的檔案，用於最後輸出比對結果sam檔案的
官方文件
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