bwa軟體的使用
第一步: 建立 index
根據reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 index file
[root@localhost ]# bwa index -a bwtsw human_hg18_ref.fa（human參考基因組18）
第二步: 尋找 sa coordinates
如果是pair-end 資料（leftread.fastq和rightread.fastq）兩個檔案分別處理
1 bwa aln reference.fa leftread.fastq > leftread.sai
2 bwa aln reference.fa rightread.fastq > rightread.sai
3 bwa aln reference.fa singleread.fastq > singleread.sai
如果希望多執行緒執行，在其中加入 -t這個引數，另外-f這個引數可以指定結果輸出檔案，如:
1 bwa aln -c -t 3 -f leftreads.sai reference.fa leftreads.fastq
第三步：轉換sa coordinates輸出為sam
如果是pair-end資料
1 bwa sampe -f pair-end.sam reference.fa leftread.sai rightread.sai leftread.fastq rightread.fastq
如果是single reads資料
1 bwa samse -f single.sam reference.fa single.sai single.fastq
生信軟體之bwa
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