轉錄組測序

轉錄組測序

轉錄組測序分析可以分為referring sequencing有參轉錄組分析和de novo無參轉錄組分析。有參無參的意思是，有/無參考基因組。

1.獲得測序資料，fastq格式，稱之為raw data。

fastq檔案說明；每四行為乙個單元。

第一行：序列名稱

第二行：序列的鹼基

第三行：序列名稱，可以使用+代替

第四行：鹼基的質量。

質量值是用下列的ascii碼表示的，目前使用的，都是illumina1.8+對應的換算方式。

也就是l表示的那行：!是最低的質量，為0，而j是最高的質量，為41。以@為例，計算：查表可以知道 @ 對應的數值為64，但對於測序質量值來說，多了33（因為測序質量是從!開始用的），所以@ 對應的測序質量值應該為64-33=31。

2.質量檢測（可以用fastqc、trimmomatic等）質控後的資料稱為clean data

hisat2，tophat2，star等軟體

4.統計每個基因或者轉錄本的表達量（軟體：htseq，rsem等）

5.進行差異表達分析（edger, deseq2, ebseq等）在正常條件和某種試劑處理的時候，出現了某些我們關心的特性，但是我們可能不知道這些特性的發生是什麼機制。那我們可以通過尋找這些有變化的基因，分析它們大致是參與了什麼過程的基因起了變化，就可以為進一步深入研究提供線索。