要介紹bioconda首先得介紹一下anaconda:
anaconda指的是乙個開源的python發行版本,而bioconda是anaconda中專門用來管理生物資訊學相關軟體的channel。目前,bioconda已經支援安裝2700多種生物資訊學相關的包。
bioconda的主頁
cd /mnt/h/workspace/biosoft/
wget
bash miniconda3-latest-linux-x86_64.sh
安裝完成後,重新登入或者source ~/.bashr,並將conda新增到環境變數path。
conda config --add channels r
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels
conda config --add channels
conda config --add channels
4.使用bioconda管理生物資訊學軟體
安裝bwa,預設安裝最新版本
conda install bwa
conda search bwa
conda install bwa=0.7.12
conda list
conda update bwa
##解除安裝軟體
conda remove bwa 或者
conda unistall bwa
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