生信必修課之軟體安裝

2021-09-29 03:43:58 字數 1333 閱讀 5717

課程封面

一開始我以為很少有人會像我這樣,在乙個沒有任何生信基礎的實驗室搭建生物資訊學分析平台。但是,我慢慢發現其實是有很多人像我這樣子,希望學點生信,從生物這個坑慢慢往外爬。

很高興,我的第乙個作品終於能夠和大家見面了,它是國內首個為生信初學者準備的linux軟體安裝的課程,系統性教初學者如何解決軟體安裝這乙個看似容易的問題。

沒想到,我居然在它上面花了那麼久的時間。

一開始,我只是想著可以簡單說下幾個程式語言的安裝方法。但是某天晚上我突然想到,大家不會裝軟體的本質上是對linux不熟悉,於是我增加了基礎部分講解,把linux的最小必要知識,也就是常用的shell命令列,vim文字編輯工具和環境變數著幾個概念講講清楚。最開始是打算是先介紹各個程式語言,然後介紹conda,但是後來又覺得大家一開始不需要了解那麼深入,於是就把conda提前。

"知識的詛咒"指的是當你知道某個知識,你就很難明白不知道這個知識的人到底是什麼狀態。或者你學會了某個技能你也完全忘了沒會前是什麼樣子,好像從一開始就會一樣。

但是,我依舊擔心我的課程是否真的有用,大家聽完課程之後是否真的能懂。直到有一天,我聽了許岑的課程(他製作了教別人做菜、教別人ppt、教別人彈結他的課程)我終於釋然了。他說,

我想到我自己的學習經歷,的確如他所說,那些看完以為自己就會的知識點在實際操作時總是會出現各種問題,練習的時間遠遠超過了看書和聽課的時間。

這是課程框架,分為兩個部分:基礎知識和軟體安裝實戰

軟體安裝一課就夠.png

對於有一定linux基礎的入門者,你可以跳過基礎知識,直接去學習如何使用包管理工具安裝軟體,學完conda之後絕大部分軟體你都可以進行安裝,你就能去重複別人教程裡面的基礎分析內容,比如說rna-seq的預處理部分。

對於一些有經驗的入門者,也就是會用conda軟體,也知道使用./configure && make && make install編譯軟體的而言,你可以跳到如何安裝c/c++程式的從原始碼編譯安裝部分,我這節深入講解了編譯三部曲每一步的意義,相信你看完之後對c程式的軟體安裝會有更深刻的理解。

後續的python、perl可以認為是乙個整體,介紹的是解釋型高階語言是如何進行模組安裝,安裝的指令碼是如何被系統找到並執行,以及不同版本的直譯器衝突應該如何解決。

軟體安裝

生信必修課之軟體安裝

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