生信（七）生信中常用命令

2021-08-31 18:35:59 字數 3131 閱讀 3374

今天將生信工作中的一些常用命令記錄（分享）如下：

（以後會不定期更新）

轉換dos/windows格式的bed檔案為unix格式

（說明：我們拿到的bed檔案時常是客戶在windows系統下編輯好的，其行尾是\r\n，在進行ngs分析前最好將其轉換為unix風格的行尾\n。）

可以看出上面的dos.bed.txt是乙個dos風格（^mkatex parse error: can't use function '\r' in math mode at position 3: ，即\̲r̲\n結尾）的檔案。要想轉換成u…，即\n結尾）的檔案，當然可以用dos2unix命令來完成：

可以看到轉換成功。問題在於dos2unix命令往往不是系統預設安裝的，你要自行安裝後才可以使用。乙個替代的方法是用sed命令。

可以看到，轉換效果是一樣的。

批量刪除乙個目錄及其子目錄下的bam檔案

合併兩個fastq檔案

cat fastq1 fastq2 > merged_fastq
獲取fastq檔名字首（假設fastq檔名是test.r1.fq.gz，我們想得到其字首test）

your_string | cut –d. –f1
your_string | sed 『s/\..*//』
your_string | awk –f. 『』
或者（如果是在指令碼中實現這一功能的話）：

利用shell中的字串變數刪除功能$來實現。

打包並壓縮專案檔案

tar zcvf tar_file origin_files
列印行號

輸出指定的行數（比如第666行）

sed –n 『666p;666d』 your_file
awk 『nr==666』 your_file
統計不重複的基因個數（假設基因名在第一列）

awk 『』 your_file | sort -u | wc –l
或者

awk 『 end 』 your_file
找出表達量最高的基因（假設基因名在第一列，表達量資料在第四列）

sort –k4,4nr your_file | head -1 | cut –f1
或者（如果僅僅是找出最高表達量的基因，下面的方法更快！因為它不對所有記錄排序）：

awk 『} end 』 your_file
列印最後一列

awk 『』 your_file
反向互補序列（如」agctn」的反向互補序列應該是」nagct」）

your_string | tr 『agctnagctn』 『tcgantcgan』 | rev
或者：

your_string | sed 『y/agctnagctn/tcgantcgan/』 | rev
求取某一列平均值（假設求第四列的平均值）

awk 『 end 』 your_file
如果是壓縮檔案，則需利用zcat來生成「流」：

zcat your_zipped_file | awk 『 end 』
獲取指令碼檔案所在目錄的絕對路徑（假設你有乙個指令碼test.sh，你想在該指令碼裡寫幾行**獲取test.sh所在目錄的絕對路徑）

對bed檔案排序（假設依次按照前三列進行排序）

sort –k1,1v –k2,2n –k3,3n unsort.bed > sort.bed
最後提一句：從上面的諸多例子中，我們可以看出，sed與awk的威力。它們與grep並稱linux下的「三劍客」，牛叉哄哄！

生信中常用的linux命令01

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