生信基礎(二) 生信學習資料

2021-08-29 04:57:18 字數 2747 閱讀 6409

原創: hxj7

上次談到生信人員需要熟練掌握一些程式語言,還講了perlpython的選擇問題。那麼,如果已經選定了一門程式語言,到底該如何學習它呢?今天的我們可以通過mooc跟著名師學習或者上知乎提問,幸運的話還能得到大牛指點。不過,在我剛接觸程式設計的時候,mooc和知乎都還未興起,所以我都是找資料自學。在經歷了一些挫折後,我越來越接受和認可learn*** the hard way這種學習方式(下文會提到)。這次我將自己使用過的學習資料分享給大家。如果您是乙個新手,可以參考之;如果您是乙個有經驗的人,這次篇幅也不大,您就姑妄看之吧。

linux shell

《鳥哥的linux私房菜 基礎學習篇》

如果您是乙個linux新手,那麼這本書是我極力推薦的。作者是乙個台灣人,他寫的這本書讀起來就像是他和你坐在一起對話,將自己多年來的linux實操經驗深入淺出地娓娓道來,內容詳實,文字還略帶幽默詼諧,生怕那些晦澀的專業名詞「嚇」到你。相信你讀完後也會和我一樣喜歡上這本書的。

《linux命令列與shell指令碼程式設計大全》

讀完上一本鳥哥的私房菜,就可以看一看這本高階書了。這本書介紹了linux shell命令列環境以及程式設計基礎。其中sed以及awk的部分更是亮點,學完這兩個工具,你會為其小而美而著迷,一行命令就可以完成許多文字處理任務,多神奇呀!總的來說,該書可當做一本工具書放在案頭常翻翻。

《unix環境高階程式設計》

本書是一部備受程式設計師推崇的傑作,作者richard stevens是一位大牛,《tcp/ip詳解》(三卷本)就出自他手。該書詳細介紹了unix系統程式設計介面,講解了unix檔案目錄i/o程序執行緒等眾多概念的實現原理。這本書專業性很強,我讀第一遍完全是硬著頭皮上的(多少次煩躁得扯頭髮…),直到第二遍才琢磨出點味來。不得不說,讀完這本書,我對linux(unix的親戚)系統的理解加深了許多。不過,如果您實在讀不下去也沒關係,「君子讀書,十年不晚」,咱過兩年再讀也不遲,您說是不是!

《笨方法學 python》

該書英文名叫《learn python the hard way》,這本書區別於我以往看過的所有教材。一般的教材會先給你講概念,講原理,然後再讓你去練習寫**解決問題。而這本書卻是先把解決問題的**放出來,讓你依樣畫葫蘆抄一遍,執行一遍,確定沒問題了再回過頭來給你講概念,講原理。你說怪不怪!就是這樣乙個怪方法卻廣受好評,為啥,因為它有用啊。很多新手都靠此入門了。我現在越來越認可此道,有時候我們的確會受困於那些光怪陸離的名詞概念,卻忘記了自己要解決問題的初衷。而笨方法先讓你學著解決問題,然後再欣欣然去理解那些名詞概念。也不失為另闢蹊徑!

《python核心程式設計》

這本書可以當做python的一本工具書。內容詳實,比起上一本入門書來說,這本書額外講了python在多個領域的應用:比如網路程式設計web程式設計資料庫程式設計圖形使用者介面程式設計等等。讀完這本書,你可以自己寫一些爬蟲指令碼,圖形介面的應用程式等等,完成的時候應該還是挺自豪的,不錯呦~

學python到這個地步,你可以稍微歇一歇腳了,玩點遊戲放鬆放鬆。有這麼乙個好玩的闖關遊戲**,the python challenge,你可以用你掌握的python技能去試試看。這可是乙個絕好的寓教於樂的機會呀!

最後python的入門和高階書籍就介紹到這了,後面就是要在日常工作中多使用,遇到問題多google,在實戰中進步。要想成為乙個python高手(也是我的目標),就需要花時間和精力修煉內功了,多看原始碼多看資料結構和演算法。怕什麼真理無窮,進一寸有一寸的歡喜。讓我們共勉!

常見生信操作

安裝samtools conda install samtools srand 隨機數發生器。設定固定的種子,保證每次出來的結果一致 rand 返回 0,1 之間的隨機數,包含0不包含1 1.產生隨機的基因組檔案 echo 1 awk v seed 1 v label chr v chrnum 4 ...

生信轉崗心得

應健明的邀請,我也寫一篇關於轉行做生物資訊的心得,本來以為很輕鬆就可以寫出來的,但是發現並不那麼好寫。如果放在去年剛轉崗之時,我想應該更順手,那時感觸良多且深刻。不過我雖是個健忘的人,但是還清醒地記得去年7月份通過公司的轉崗答辯之時,心情無比的愉快與美麗,覺得終於從一名生信愛好者成為一名正規軍。之前...

易生信Linux培訓

生信寶典 和 巨集基因組 聯合舉辦的生物資訊系列9天實戰班,歷時5個月,已經順利完成了4期,包括轉錄組分析 高通量測序分析的基礎課 r語言 cytoscape繪圖 資料視覺化是解釋資料不可缺少的一部分 python程式設計 每個人都應該會一門程式語言 微生物組擴增子測序分析 當前最火的領域之一 li...