plink做SNP篩選和GWAS

2021-08-08 14:06:11 字數 1302 閱讀 7240

1.vcf轉ped/map:

plink --vcf spirits.recode.vcf --recode --out test
2.統計每個snp的maf，並將maf < 0.05; miss > 0.2的snp篩選出來並過濾掉。

plink --file 513lines_4429snps_110506 --freq --out test


plink --file 513lines_4429snps_110506 --maf 0.05 --geno 0.2 --out test --recode
3.針對508lines_traits.txt檔案中的性狀進行全基因組關聯分析

用excel編輯獲取fid，iid檔案以及表型檔案：

選擇個體檔案：

1 l1

2 l2

3 l3

4 l4

5 l5

6 l6

7 l7

8 l8

9 l9

10 l10

fid     iid     t1      t2      t3


1       l1      4.5514  4.0234  1.5055


2       l2      2.4888  2.2576  1.4878


3       l3      4.9849  3.413   1.1411


4       l4      7.9829  5.8398  1.31127


5       l5      1.7586  3.088   1.7824


6       l6      2.2273  4.0377  1.943


7       l7      8.1565  4.6783  0.6993


8       l8      2.8122  3.6162  1.33192


9       l9      2.3489  4.4685  1.9838
命令：

plink --bfile test --keep keep.txt --recode --out use_test


plink --allow-no-*** --file use_test --pheno phe.txt --assoc --adjust --all-pheno --out test
生成.qassoc.adjusted，.qassoc，分別是校正p值和原始p值

利用PLINK進行GWAS分析

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