plink格式的map檔案和ped檔案

map格式的檔案, 主要是圖譜檔案資訊, 主要包括染色體名稱, 所在的染色體和所在染色體的座標.

map檔案包括：

example

1 snp1 0 1

1 snp2 0 2
1 snp3 0 3

bed格式的檔案, 主要包括snp的資訊, 包括個體id, 系譜資訊, 表型和snp的分型資訊.

.ped 檔案主要有 6 列，後面都是基因型：

example

1 1 0 0 1  0  g g  2 2  c c

1 2 0 0 2  0  a a  0 0  a c
1 3 1 2 1  2  0 0  1 2  a c
2 1 0 0 1  0  a a  2 2  0 0
2 2 0 0 2  2  a a  2 2  0 0
2 3 1 2 1  2  a a  2 2  a a

plink --file hapmap --out hapmap --make-bed

plink --file hapmap --geno 0.05 --maf 0.01 --out hapmap --make-bed

plink --file hapmap --indep-pairwise 500 10 0.1

plink --file hapmap --extract plink.prune.in --make-bed --out prunedhapmap

plink --file hapmap --thin  0.2 --out hapmap --make-bed

plink --file hapmap --geno 0.05 --maf 0.01 --indep-pairwise 500 10 0.1 --thin 0.2

plink --file hapmap --extract plink.prune.in --make-bed --out prunedhapmap

plink --bfile cluster_remove --recode --out data --noweb #由bed檔案轉為ped、map檔案

plink --file data --geno 0.05 --maf 0.01 --indep-pairwise 500 10 0.1 --thin 0.2
plink --file data --extract plink.prune.in --make-bed --out pruneddata

plink --23file file.txt --make-bed --out newfile

link --file genom0 --merge-list filesets3.txt --make-bed --out combdata

Gson解析（List和Map）格式json資料

主要解析 兩種格式 列 式 和 map格式 常用的是列表解析，以前不知道解析map，就用json配合gson使用，今天在論壇看到有人問，就試了一下才發現 解析map也很方便，哇喔，又漲姿勢了。public class jsonparse public static void main string ...

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1 dll的起源 動態鏈結庫 dll 是從c語言函式庫和pascal庫單元的概念發展而來的。所有的c語言標準庫函式都存放在某一函式庫中。在鏈結應用程式的過程中，鏈結器從庫檔案中拷貝程式呼叫的函式 並把這些函式 新增到可執行檔案中。這種方法同只把函式儲存在已編譯的obj檔案中相比更有利於 的重用。但隨...