plink軟體輸入檔案的常見格式型別：
1，一般格式：ped/map
2，轉置格式：tped/tfam
3，二進位制格式：bed/bim/fam
幾種格式之間可以相互轉換。推薦使用bed/bim/fam這種格式，讀取速度快。bed檔案包含snp資料，是二進位制格式，不能由notepad++等文字編輯器開啟。bim檔案包括snp位置資訊，fam檔案包括家系表型資訊，這兩種檔案都是文字格式。 ped檔案格式：
column1 = familyid
column2 = individualid
column3 = paternalid
column4 = ***
column5 =phenotype (1 = unaffected, 2 = affected, 0 = missing)
column6 + column7 = genotype pair at snp1
column8 + column9 = genotype pair at snp2
…………
fam1 id1 fid mid 1 1 a t g g
fam1 id2 fid mid 2 1 a t c g
map檔案格式：
column1 = chromosome
column2 = snpidentifier
column3 = genetic distance in morgans(0, if missing)
column4 = physical base-pair position in bp units
# column3 and column4 are not required for basic association testing.
1-22：常染色體
23：x染色體
24: y染色體
25：xy染色體擬常染色體區
26：線粒體
plink1.07中--sheep,--cow,--horse,--mouse,--dog，可以根據這幾種的動物基因組設定染色體編號。
讀取綿羊snp資料可以用plink --file test --sheep
plink1.09中--chr-set 26，設定1-26號染色體為常染色體，27號為x染色體，28號為y染色體。
輸入檔案格式彼此轉換的方法：
1、ped/map 轉換為tped/tfam格式
plink --ped test.ped --map test.map --recode --transpose --out test1
或者plink --file test --recode --transpose --out test1
#生成test1.tped和test1.tfam檔案
plink --tped test1.tped --tfam test1.tfam --recode --out test2
或者plink --tfile test1 --recode --out test2
#生成test2.ped和test2.map檔案
#ped/map轉為二進位制格式
plink --file test --make-bed --out test3
#tfam/tped轉為二進位制格式
plink --tfile test1 --make-bed --out test3
#生成test3.bed，test3.bim和test3.fam檔案
#用bfile來讀取test3.bed，test3.bim和test3.fam檔案
plink --bfile test3 --recode --transpose --out test4
#生成test4.tped和test4.tfam
plink --bfile test3 --recode --out test5
#生成test5.ped和test5.fam
--recodead，snp編碼成加性顯性模式，以0、1、2編碼snp，na為缺失值；
--recode12，snp編碼為數字1或2，缺失值為0.
**：參考：
plink做SNP篩選和GWAS
1.vcf轉ped map plink vcf spirits.recode.vcf recode out test2.統計每個snp的maf，並將maf 0.05 miss 0.2的snp篩選出來並過濾掉。plink file 513lines 4429snps 110506 freq out t...
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