vcf 檔案轉換為 ped 和 map檔案：
plink --noweb --vcf amp_snp_anno.vcf --recode --out output --double-id
轉換為二進位制檔案：
plink --noweb --file output --make-bed --out outputb
quality control:
plink --bfile outputb --geno 0.05 --hwe 0.0001 --maf 0.1 --mind 0.05 --recode --out output3
--geno 0.05 如果乙個個體有5%的snp都是缺失的，那麼就刪掉該snp。
--mind 0.05 如果乙個snp5%的個體中都是缺失的，那麼就刪掉該個體。
plink --bfile outputb --geno 0.05 --hwe 0.0001 --maf 0.1 --mind 0.05 --recode vcf
輸出檔案為vcf
snp_chr1_12777254.vcf：
plink --noweb --vcf snp_chr1_12777254.vcf --make-bed --out outputbc1
1.9版本的plink 用以上命令生成ped檔案
報錯：error: out of memory. the memory flag may be helpful.
failed allocation size: 665225152
執行： plink --memory 665225152
報錯：error: --memory parameter too larges for 32-bit version
換個64version 試一下
成功~~~
windows批處理使用記錄
進入批處理所在目錄 cd dps0 d0 同理，將 檔案全路徑 作為引數時，進入這個檔案所在資料夾的方式為 cd dpsn 注 n需要用引數的索引替換 dn 終結某些程序 taskkill f im exe 如果資料夾不存在就建立 if not exist logs mkdir logs 日期獲取 ...
資料庫記錄處理
新建乙個表 名字為t3,屬性id為 int型別 主鍵，給自增，name 為 varchar型別 非空約束 age int 型別，int型別，非空屬性 create table t3 id int primary key auto increment,name varchar 20 not null,...
Plink的高階使用方法（未完成）
之前寫了plink常用命令總結是對plink的一些基礎命令的簡單記錄，經過一段時間的使用，也寫了乙個使用plink對snp資料進行質量控制的簡單pipeline的記錄，現在再做一些總結，就稱為plink的高階使用方法吧。提取一段位置區間的所有snp plink bfile sample extrac...