gene structure
transcription
1.dna上有轉錄啟動位點和終止位點，rna聚合酶結合到上面，得到rna（primary transcript）
2.rna被切掉內含子，加上5帽子和3尾巴，得到成熟mrna（rna-seq研究物件）
3.mrna到核外，翻譯成蛋白。
可變剪下
可變剪下又叫選擇性剪下（alternative splicing, as），生物的基因序列包含了外顯子（exon）和內含子（intron），兩者相互間隔。在mrna前體的剪接過程中，參加剪接的外顯子可以不按其線性次序剪接，內含子也可以不被切除而保留，即乙個外顯子或內含子是否出現在成熟mrna中是可以選擇的，轉錄組複雜原因之一。
剪下分類：
transcript vs isoform vs transcript variant
transcript: an expressed sequence
isoform：同乙個基因的不同版本的蛋白，可由as產生(one of splice variants)
transcript variant：同乙個基因的不同mrna transcript
轉錄組測序
轉錄組測序 轉錄組測序分析可以分為referring sequencing有參轉錄組分析和de novo無參轉錄組分析。有參無參的意思是，有 無參考基因組。1.獲得測序資料，fastq格式，稱之為raw data。fastq檔案說明 每四行為乙個單元。第一行 序列名稱 第二行 序列的鹼基 第三行 序...
轉錄組測序
資料分析與解讀 1.data cleaning 從原始資料 raw data 到乾淨資料 clean data 的過程，有人翻譯成 資料清洗 實在叫不習慣 illumina測序儀下機的資料通常為bcl格式，是將同乙個測序通道 lane 所有樣品的資料混雜在一起的，所以公司一般不會提供bcl檔案。測序...
轉錄組分析 轉錄組分析 使用STAR進行比對
通過二代測序我們可以獲得150bp左右的reads，如果想要知道reads是從哪個轉錄本上測出來的，就需要將reads比對到參考基因組上。比對的演算法很複雜，但簡單理解就是看reads與基因組上哪個區域一致。wget c 解壓 star tar xvzf 2.7.3a.tar.gz 執行 star ...