通過二代測序我們可以獲得150bp左右的reads，如果想要知道reads是從哪個轉錄本上測出來的，就需要將reads比對到參考基因組上。比對的演算法很複雜，但簡單理解就是看reads與基因組上哪個區域一致。
wget -c
## 解壓 star
tar -xvzf 2.7.3a.tar.gz
## 執行 star
./star-2.7.3a/bin/linux_x86_64/star
在進行reads比對前，我們需要先構建基因組索引。
## 構建基因組索引
star --runthreadn 6 --runmode genomegenerate --genomedir index_dir --genomefastafiles genome.fasta --sjdbgtffile genome.gtf --sjdboverhang 149
--runmode genomegenerate：構建基因組索引。
--genomedir：索引目錄。（index_dir一定要是存在的資料夾，需提前建好）
--genomefastafiles：基因組檔案。
--sjdbgtffile：基因組注釋檔案。
--sjdboverhang：reads長度減1。
索引構建完成後，就可以看到index_dir中生成了以下檔案：
有了索引後，我們就可以進行reads比對了。
## 進行 reads 比對
star --twopassmode basic --quantmode transcriptomesam genecounts --runthreadn 6 --genomedir index_dir --alignintronmin 20 --alignintronmax 50000 --outsamtype bam sortedbycoordinate --sjdboverhang 149 --outsamattrrgline id:sample sm:sample pl:illumina --outfiltermismatchnmax 2 --outsjfilterreads unique --outsammultnmax 1 --outfilenameprefix out_prefix --outsammapqunique 60 --readfilescommand gunzip -c --readfilesin seq1.fq.gz seq2.fq.gz
--quantmode transcriptomesam genecounts：將reads比對至轉錄本序列。
--runthreadn：執行緒數。
--genomedir：索引目錄。
--alignintronmin：最短的內含子長度。（根據gtf檔案計算）
--alignintronmax：最長的內含子長度。（根據gtf檔案計算）
--outsamtype bam sortedbycoordinate：輸出bam檔案並進行排序。
--sjdboverhang：reads長度減1。
--outsamattrrgline：id代表樣本id，sm代表樣本名稱，pl為測序平台。在使用gatk進行snp calling時同一sm的樣本可以合併在一起。
--outfiltermismatchnmax：比對時允許的最大錯配數。
--outsjfilterreads unique：對於跨越剪下位點的reads（junction reads)，只考慮跨越唯一剪下位點的reads。
--outsammultnmax：每條reads輸出比對結果的數量。
--outfilenameprefix：輸出檔案字首。
--readfilescommand：對fastq檔案進行操作。
--readfilesin：輸入fastq檔案的路徑。比對完成後，我們可以看到輸出目錄下有以下檔案：
我們可以使用samtools檢視生成的bam檔案。
## 檢視 bam 檔案
samtools view ck-1_aligned.sortedbycoord.out.bam |head -n 5
以"aligned.totranscriptome.out.bam"為字尾的bam檔案中，reads比對到的位置是轉錄本位置。
"log.final.out"裡記錄了許多比對情況的統計資訊。
轉錄組分析處理流程
1.fastqc 2.star build index star runthreadn 9 runmode genomegenerate genomedir data xx bio task le mir 03 2mirseq index genomefastafiles data xxbio ta...
轉錄組分析 高階轉錄組分析和R資料視覺化
常規轉錄組是我們最常接觸到的一種高通量測序資料型別，其實驗方法成熟，花費較低，是大部分cns必備的技術，以後應該就如做個pcr一樣常見。而且分析思路簡潔清晰，是入門生信，學習生信分析思路和資料視覺化的首選。資料分析是相通的，通過乙個簡單的課程理解其中的原理，就可以推而廣之，延伸到其它型別的資料分析，...
轉錄組分析的正確姿勢
轉錄組分析是目前應用最廣的高通量測序分析技術之一。常見設計是不同樣品之間比較，尋找差異基因 標誌基因 協同變化基因 差異剪接和新轉錄本，並進行結果視覺化 功能注釋和網路分析等。轉錄組的測序分析也相對成熟，從rna提取 構建文庫 上機測序再到結果解析既可以自己完成，又可以在專業公司進行。概括來看轉錄組...