重測序流程就是有參考基因組的流程，如果是真核生物一般使用tophat和cufflinks的組合方式，得到比對檔案，可變剪下檔案，組裝轉錄本結果；
如果想得到某些條件下的新轉錄本，使用cuffmerge融合links得到的gtf檔案，再用cuffcompare把融合的gtf跟參考gtf比較即可，但是！結果的classcode比較難以理解，需要比較強的生物學背景，博主理解的不一定對，也不想出糗就不寫了。。。
差異表達分析使用cuffdiff，但是博主聽很多人說它得到的差異基因太少，認為不準確，博主表示弱爆了。。。具體原因不解釋，不過cuffdiff是有一定的適用範圍，詳見官網博主可不想翻譯~~~
至於snp分析要看實際覆蓋的倍數，太高了最好去duplication。。。可分析的內容有editing和ase，不過乙個需要dna乙個需要父母本，當然也有方法來做只不過準確率稍微低一些而已。
可變剪下目前做的只有一些分類，比如es，ir之類的，還有一種研究方向是找以前文獻報道的新轉錄本進行覆蓋度驗證。
最後發張臨時做的圖表示一下流程~
轉錄組測序
轉錄組測序 轉錄組測序分析可以分為referring sequencing有參轉錄組分析和de novo無參轉錄組分析。有參無參的意思是，有 無參考基因組。1.獲得測序資料，fastq格式，稱之為raw data。fastq檔案說明 每四行為乙個單元。第一行 序列名稱 第二行 序列的鹼基 第三行 序...
轉錄組測序
資料分析與解讀 1.data cleaning 從原始資料 raw data 到乾淨資料 clean data 的過程，有人翻譯成 資料清洗 實在叫不習慣 illumina測序儀下機的資料通常為bcl格式，是將同乙個測序通道 lane 所有樣品的資料混雜在一起的，所以公司一般不會提供bcl檔案。測序...
轉錄組測序流程
轉錄組測序 轉錄組測序分析可以分為referring sequencing有參轉錄組分析和de novo無參轉錄組分析。有參無參的意思是，有 無參考基因組。1.獲得測序資料，fastq格式，稱之為raw data。fastq檔案說明 每四行為乙個單元。第一行 序列名稱 第二行 序列的鹼基 第三行 序...