tassel 是比較經典的關聯分析軟體，但是因為執行速度沒有優勢，所以在重測序等資料量比較大的研究中不太常用。這是記錄一下tassel5 命令列進行關聯分析的過程。
參考：tassel5：
mlm：
run_pipeline.pl -plink -ped snp.ped -map snp.map -kinshipplugin -method centered_ibs -endplugin -export kinship.txt -exporttype sqrmatrix# 表型檔案
p=all_pheno.txt
# 群體結構矩陣
q=q3.txt
# kinship 矩陣
k=kinship.txt
run_pipeline.pl \
-xms1g -xmx10g\
-fork1 -plink -ped snp.ped -map snp.map -filtersitebuilderplugin -siteminallelefreq 0.05 -endplugin \
-fork2 -importguess $p \
-fork3 -importguess $q -excludelasttrait \
-fork4 -importguess $k \
-combine5 -input1 -input2 -input3 -intersect \
-combine6 -input5 -input4 -mlm -mlmvarcompest p3d -mlmcompressionlevel optimum \
-export result
全基因組關聯分析（GWAS）軟體 MAGMA
magma軟體被設計用於基於基因的 gene based 或基因集的 gene set based 的關聯分析，可以直接找到與目的性狀相關的功能基因或功能模組 如基因調控通路等 也有利於發現由多個微效 snp 關聯的基因。magma 的輸入資料可以是原始的基因型資料，也可以是其它關聯分析軟體的結果 ...
全基因組關聯分析（GWAS）的計算原理
關於全基因組關聯分析 gwas 原理的資料，網上有很多。這也是我寫了這麼多gwas的軟體教程，卻從來沒有寫過gwas計算原理的原因。恰巧之前微博上某位小可愛提問能否寫一下gwas的計算原理。我一順口就答應了。後面一直很懶，不願意動筆，但想著既然答應了，不寫說不過去。如果我認為有價值，寫出來對大家有幫...
比較基因組學常用分析軟體和分析方法
比較基因組學常用分析軟體和分析方法 1 同源基因的查詢 orthomcl or orthofinder 2 多序列比對 muscle mafft clustalw t coffee，muscle 效果好點 3 調取保守區域，並收尾連線，形成supergene gblocks 4 進化樹構建 raxm...