qd > 2.0
fs > 60.0
mq > 40.0
mqranksum > -12.5
readposranksum > -8.0
sor > 3.0
在解釋原因之前，先讓我們回顧下乙個gbs資料比對後在i**的情況
gbs比對情況
他們的比對位置並不隨機，因此任何和strand bias有關的標準在過濾時，也就是fs > 60.0 sor > 3.0時會過濾掉90%的資料，因此過濾掉許多真實的變異。
因此，官方提供的標準，gbs資料只要用以下幾個就行
qd > 2
mq > 40.0
mqranksum > -12.5
readposranksum > -8
vcfr匯入vcf檔案，通過柱狀圖分布來確定。
附上我的一批資料通過這些標準過濾的結果
> table(qd>2)
false true
1140 91348
> table(mq > 40.0)
false true
8924 83565
> table(mqranksum > -12.5)
true
92465
> table(readposranksum > -8)
false true
103 92127
> table(fs >= 60.0)
false true
86515 5974
> table(sor > 3)
false true
85705 6784
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