全基因組關聯分析（GWAS）軟體 MAGMA

magma軟體被設計用於基於基因的（gene-based)或基因集的（gene-set-based)的關聯分析，可以直接找到與目的性狀相關的功能基因或功能模組（如基因調控通路等），也有利於發現由多個微效 snp 關聯的基因。

magma 的輸入資料可以是原始的基因型資料，也可以是其它關聯分析軟體的結果（如emmax、gemma等）。

本文用 emmax 的關聯分析結果作為輸入檔案，因為 magma 雖然可以用原始資料進行單位點的關聯分析，但是它的執行速度沒有 emmax 快。

magma 需要乙個 snp 注釋資訊檔案，內容包括 snp 位於基因的什麼位置。

~/tools/magma --annotate nonhuman window=3,1.5 --snp-loc snp_hardfiltered_biallelic_maf5_ms50_chr_imputated.bim --gene-loc gene_locations.txt --out magma_annotation

snpid

chrpos

geneid

chrstart

end+/-

symbol

前四列必須。

2. gene-based gwas

~/tools/magma --bfile snp_hardfiltered_biallelic_maf5_ms50_chr_imputated --gene-annot magma_annotation.genes.annot --pval blup.ps n=355 use=1,3 --out test

3. gene-set-based

~/tools/magma --gene-results blup.genes.raw --set-annot kegg-pathways_first2.txt col=1,2 --out test

遇到的問題

首先，檢視系統中所有libstdc++.so.6 版本 $ locate libstdc++.so.6 /home/liuqb/miniconda3/envs/magma/lib/libstdc++.so.6 /home/liuqb/miniconda3/envs/magma/lib/libstdc++.so.6.0.19 /home/liuqb/miniconda3/envs/magma/lib/libstdc++.so.6.0.19-gdb.py /home/liuqb/miniconda3/envs/magma/lib/libstdc++.so.6.0.27 /home/liuqb/miniconda3/envs/magma/lib64/libstdc++.so.6 /home/liuqb/miniconda3/envs/magma/lib64/libstdc++.so.6.0.27 /home/liuqb/miniconda3/envs/magma/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/sysroot/lib/libstdc++.so.6 /home/liuqb/miniconda3/envs/magma/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/sysroot/lib/libstdc++.so.6.0.27 .... 檢視6.0.27中的glibcxx版本 $strings /home/liuqb/miniconda3/envs/magma/lib64/libstdc++.so.6.0.27|grep glibcxx 。。。glibcxx_3.4.20 glibcxx_3.4.21 glibcxx_3.4.22 glibcxx_3.4.23 glibcxx_3.4.24 glibcxx_3.4.25 glibcxx_3.4.26 glibcxx_3.4.27 。。。有glibcxx_3.4.20 將該庫寫入.basr_profile，32位系統用/lib，64位系統用/lib64 export ld_library_path=$ld_library_path:~/miniconda3/envs/magma/lib64/ 若沒有高版本的libstc++.so.6，可用conda安裝，

conda install -c prometeia libgcc-ng

全基因組關聯分析（GWAS）軟體 MAGMA

全基因組關聯分析（GWAS）軟體 Tassel5

全基因組關聯分析（GWAS）的計算原理

比較基因組學常用分析軟體和分析方法

全基因組關聯分析（GWAS）軟體 MAGMA

全基因組關聯分析（GWAS）軟體 Tassel5

全基因組關聯分析（GWAS）的計算原理

比較基因組學常用分析軟體和分析方法

相關推薦