轉錄組分析第一步 比對

我們在這裡使用的是hisat2作為構建參考基因組和對比的工具的

conda install hisat2

hisat2-build ***.dna.primary_assembly.fa /data/genome 1>hisat2-build.log 2>

&1

***.dna.primary_assembly.fa 是指我們的基因組序列

/data/genome 是指我們生成的參考基因組放置的位置和字首

1>hisat2-build.log 2>&1 是指生成的日誌檔案和報錯檔案存入hisat2-build.log裡面

對比到參考基因組我們有兩種情況，單末端測序和雙末端測序

我們分別來看一下，單末端檔案和雙末端檔案應該怎麼處理

hisat2 --new-summary -p 2 -x ../data/genome -u ***.fq.gz -s ***.sam --rna-strandness r 1>***.log 2>

&1

-p 是指執行緒數，可以根據具體條件自己調節

-x 是指我們之前構建的參考基因組的位置和字首

-u 是指在單末端測序中產生的測序檔案，可以使用gz壓縮的fasta檔案也可以使用解壓後的fasta檔案

-s 是指輸出檔案的名字和格式，一般使用sam格式

–rna-strandness 是指鏈特異性測序，在單末端測序中使用 r 引數

hisat2 --new-summary -p 2 -x ../ref/genome -1 ***.fq.gz_1 -2 ***.fq.gz_2 -s ***.sam --rna-strandness rf 1>***.log 2>

&1

-p 是指執行緒數，可以根據具體條件自己調節

-x 是指我們之前構建的參考基因組的位置和字首

-1 是指樣本的r1檔案

-2 是指樣本的r2檔案

-s 是指輸出檔案的名字和格式，一般使用sam格式

–rna-strandness 是指鏈特異性測序，在單末端測序中使用 rf 引數

我們可以發現，單末端和雙末端測序的區別就在於指定輸入的測序檔案不同，和鏈特異性測序的引數不同，其他地方完全一樣。

我們要將sam檔案轉換成bam檔案，降低檔案大小，對系統和後面的分析來說，都會輕鬆一些

在這裡，我們使用的是samtools。老樣子，還是使用conda安裝

conda insatll samtools

samtools sort -o ***.bam ***.sam &

生成bam index是為了我們在i**上面可以視覺化我們的對比結果

同樣的，我們還是使用samtools

samtools index an12_11.bam &

轉錄組分析 轉錄組分析 使用STAR進行比對

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