初步組裝的雜合基因組如何去冗餘

redundans的目標是輔助雜合基因組的組裝，輸入檔案可以是組裝的contig，測序文庫以及額外的參考基因組，最後用於搭建出scaffold級別的純合基因組組裝結果。包括如下幾個步驟：

對於我們三代組裝的結果而言，我們只需要去冗餘這一步即可。

這一步一定要保證你的電腦上裝了zlib庫，不然就需要去修改bwa和last的makefile, 手動新增"cflags"和"ldflags", 你或許不行。

git clone --recursive

cd redundans && bin/.compile.sh

結果輸出"done"才算是成功.如果還需要作圖，則需要安裝 matplotlib numpy

pip install matplotlib numpy

最好用下面這行命令測試下。

./redundans.py -v -i test/*_?.fq.gz -f test/contigs.fa -o test/run1

這個軟體就是在安裝的時候讓我折騰了下，使用倒是非常的方便，去冗餘主要調整的引數就是相似度和重疊(overlap)度預設相似度引數--identity 0.51,重疊比例是--overlap 0.80越大越嚴格。

此外，如果你用-i引數提供了二代測序資料，redundans還會預設搭scaffold和補洞，但我只需要用到它的去冗餘步驟, 另外的兩步我不要，所以還要新增--noscaffolding和--nogapclosing跳過這兩步。

ident=0.55 ovl=0.80 contig=contig.fa threads=10 redundans.py -v -f $ -o ident_$_ovl_$ -t $ \ --log ident_$_ovl_$.log \ --identity $ --overlap $ \

--noscaffolding --nogapclosing

上面**執行時如果不小心中斷了，加上--resume就能斷點重跑了。