原文：
genomic features通常使用browser extensible data (bed) 或者 general feature format (gff)檔案表示，用ucsc genome browser進行視覺化比較。
bed檔案和gff檔案最基本的資訊就是染色體或contig的id或編號，然後就是dna的正負鏈資訊，接著就是在染色體上的起始和終止位置數值。
兩種檔案的區別在於，
bed檔案中起始座標為0，結束座標至少是1,； gff中起始座標是1而結束座標至少是1。
處理bed格式和gff格式的工具主要有 bedtools和tophat 等等
bedtools主要使用bed格式的前三列，bed可以最多有12列。bed格式的常用列描述如下：
這些列的資料，也可以用在circos上，進行基因組資訊視覺化。
求兩個bed檔案中描述的基因組區段的重疊區域
intersectbed可以
用來求兩個bed或者bam檔案中的overlap，overlap可以進行自定義是整個genome features的overlap還是區域性。
bamtobed可以
用來把比對產生的bam檔案轉化為bed檔案，可以配合coveragebed命令使用。
參考
在bedtools 2.8版本中，
five bedtools -
intersect
,coverage
,genomecob
,bamtobed
, and
bed12tobed6
常用來處理bed檔案
在bedtools 2.16版本中，用的是
intersectbed，bamtobed，以及coveragebed，genomecoveragebed命令
在bedtools 2.26版本中，又用會原來的簡短的命令了，比如intersect，coverage，genomecov等等，不過還是保留了genomecoveragebed 的用法
參考：用coverage或coveragebed 計算覆蓋度的時候，要提供兩個bed檔案。
參考：用genomecov或genomecoveragebed的時候，要提供乙個bam和乙個基因組染色體或contigid 以及長度的資訊
也可以用samtools pileup 或 samtools depth 獲得測序深度
參考：另外還有乙個軟體 qualimap可以做這些事
參考文獻：
comparison of custom capture for targeted next-generation dna sequencing
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