比如模式生物擬南芥等有專門的資料庫。
在ncbi中,對於不同的拼裝版本,以ncbi build number 進行區分,而相同的版本之間又有微小的區別,以version 表示不同的小版本,
在下面的連線中可以看到人類基因組之前的版本,
比如build.36.1, ncbi build number 為36, version 為1, 從build 37.1 開始,又有了新的命名方式,grch37
有個crc的組織(該組織是由ebi,ncbi等組織聯合起來的學術團體,對基因組的不同拼裝版本進行簡短而統一的命名,h表示人類,37
表示版本號,對於同乙個版本,會有小的修改,此時用p加上編號進行標識,比如build 37.3 又命名為grch37.p5 ,p代表patch, 補丁;
目前比較常用的版本有grch37 和crch38 兩個版本;
在ensembl 中,有不同的release ,比如
人類基因組從release-76到release-83對應 grch38, 從release-55到release-75對應grch37
這個從命名方式可以看出來,以release-83為例:
人類基因組第一條染色體命名為 homo_sapiens.grch38.dna.chromosome.1.fa.gz,其中的crch38就表示拼裝的版本
在ucsc中,
hg38對應grch38
hg19對應grch37
人類基因組概況 整理
人類基因組概況 人類基因組由atcg四種鹼基組成,但是cg的含量低於50 所以cg含量低於at含量。乙個基因組的dna大約3ug。平均每100到1000個鹼基會出現1個snps,不過密度並不均勻。如果按照每1000個鹼基存在1個snp來計算,人類30億個鹼基中,大約有300萬個snps。人類基因組的...
人類基因組的二重奏
二代測序大大提高了測序的通量,伴隨而來的基因組也遍地開花,但在構建高質量的參考基因組方面仍然不能令人滿意。隨著新的測序技術如三代 光學 hic的出現,使得構建高質量的參考基因組更加高效。對於一些重要的研究物件,乙個參考基因組顯然是不足以滿足研究需求的。以兩篇16年發表的人的基因組文獻為例,對構建高質...
bzoj3578 GTY的人類基因組計畫2
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