人類基因組在三大基因資料庫中的不同版本

2021-09-07 05:43:07 字數 847 閱讀 8365

比如模式生物擬南芥等有專門的資料庫。

在ncbi中,對於不同的拼裝版本,以ncbi build number 進行區分,而相同的版本之間又有微小的區別,以version 表示不同的小版本,

在下面的連線中可以看到人類基因組之前的版本,

比如build.36.1, ncbi build number 為36, version 為1, 從build 37.1 開始,又有了新的命名方式,grch37

有個crc的組織(該組織是由ebi,ncbi等組織聯合起來的學術團體,對基因組的不同拼裝版本進行簡短而統一的命名,h表示人類,37

表示版本號,對於同乙個版本,會有小的修改,此時用p加上編號進行標識,比如build 37.3 又命名為grch37.p5 ,p代表patch, 補丁;

目前比較常用的版本有grch37 和crch38 兩個版本;

在ensembl 中,有不同的release ,比如

人類基因組從release-76到release-83對應 grch38, 從release-55到release-75對應grch37

這個從命名方式可以看出來,以release-83為例:

人類基因組第一條染色體命名為 homo_sapiens.grch38.dna.chromosome.1.fa.gz,其中的crch38就表示拼裝的版本

在ucsc中,

hg38對應grch38

hg19對應grch37

人類基因組概況 整理

人類基因組概況 人類基因組由atcg四種鹼基組成,但是cg的含量低於50 所以cg含量低於at含量。乙個基因組的dna大約3ug。平均每100到1000個鹼基會出現1個snps,不過密度並不均勻。如果按照每1000個鹼基存在1個snp來計算,人類30億個鹼基中,大約有300萬個snps。人類基因組的...

人類基因組的二重奏

二代測序大大提高了測序的通量,伴隨而來的基因組也遍地開花,但在構建高質量的參考基因組方面仍然不能令人滿意。隨著新的測序技術如三代 光學 hic的出現,使得構建高質量的參考基因組更加高效。對於一些重要的研究物件,乙個參考基因組顯然是不足以滿足研究需求的。以兩篇16年發表的人的基因組文獻為例,對構建高質...

bzoj3578 GTY的人類基因組計畫2

description gty召喚了n個人來做實驗,gty家的房子很大,有m個房間一開始所有人都在1號房間裡,gty會命令某人去某個房間等待做實驗,或者命令一段區間的房間開始實驗,實驗會獲得一些實驗資訊點數,點數為房間裡的人數,如果乙個房間裡的一群人已經做過實驗了那麼這些人將不會增加實驗資訊點數 不...