使用Mikado挑選最好的轉錄本進行注釋

mikado是基於python3寫的基因組結構注釋工具，它主要做的是從多個轉錄組組裝工具得到的轉錄本裡挑選出最好的結果作為基因組的結構注釋。此外，它還會基於同源蛋白比對結果對轉錄本打分。換句話說這個軟體主要是根據轉錄組資料進行注釋，沒有 ab inito **。

軟體安裝比較方法，我們可以使用bioconda進行安裝:

conda create -n mikado mikado

# 開啟python進行測試, 注意大小寫
# import mikado
# mikado.test()

mkdir -p reference

cd reference
wget 
wget 
wget "" -o aedes_aegypti.fasta.gz
gunzip *gz
cd ../

mkdir -p reads

cd reads
wget 
wget 
wget 
wget 
cd ../

daijin configure --scheduler "" \

--scoring dmelanogaster_scoring.yaml \
--copy-scoring dmelanogaster_scoring.yaml \
-m permissive --sample-sheet sample_sheet.tsv \
--flank 500 -i 50 26000 --threads 2 \
--genome reference/drosophila_melanogaster.bdgp6.dna.toplevel.fa \
-al hisat -as  stringtie -od dmelanogaster --name dmelanogaster \
-o daijin.yaml --prot-db reference/aedes_aegypti.fasta;

這裡面的samples_sheet.tsv內容如下. 第一列和第二列是雙端測序的read, 第三列是樣本名， 第四列表示是否為鏈特異性建庫, 包括非鏈特異性(fr-unstranded)， 鏈特異性資料且第乙個reads是正向鏈第二個reads是反向鏈(fr-firststrand ), 鏈特異性資料且第二個reads是正向鏈第乙個reads是反向鏈(fr-secondstrand)， 僅正向鏈(f)和僅反向鏈(r), 最後一列表示是否非為三代測序結果(false表示為二代測序)

reads/err1662533_1.fastq.gz reads/err1662533_2.fastq.gz     err1662533      fr-unstranded   false

reads/err1662534_1.fastq.gz reads/err1662534_2.fastq.gz     err1662534      fr-unstranded   false

daijin assemble -nd -j 20 --c 20 -t 50 -nd daijin.yaml

# -nd 一般伺服器都沒有drmaa
# -j/--jobs: 每次投遞多少任務
# -c/--cores: 執行多少個任務並行
# -t/--threads: 每個任務最多多少個執行緒，一般在daijin configure 用--threads指明

...

rule bam_stats:
input:
bam=rules.bam_sort.output,
idx=rules.bam_index.output
output: align_dir+"/output/.sorted.bam.stats"
params:
load=loadpre(config, "samtools"),
#plot_out=align_dir+"/output/plots//"
threads: 1
message: "using samtools to collected stats for: "
shell: " samtools stats  > "
#" && plot-bamstats -p  "
...

dmelanogaster/3-assemblies/output/class-0-hisat-err1662533-0.gtf

dmelanogaster/3-assemblies/output/class-0-hisat-err1662534-0.gtf
dmelanogaster/3-assemblies/output/stringtie-0-hisat-err1662533-0.gtf
dmelanogaster/3-assemblies/output/stringtie-0-hisat-err1662534-0.gtf

上一步提供了組裝得到的gtf檔案就可以作為mikado的輸入進行結構注釋， 其中mikado要求的輸入檔案在dmelanogaster_scoring.yaml, 裡面的內容

daijin mikado -j 10 -c 20 -nd dmelanogaster/mikado.yaml

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