通哥點評
cope也是華大團隊出品的一款軟體，和soap系列其他軟體類似，功能強大，使用簡單，支援多種模式進行具有overlap的pairend reads進行連線，連線的效果非常不錯，其實我覺得要比flash，fastq-join這些工具好用的。
一、功能分類：
pairend read連線工具
二、軟體官網：
tar -zxvf cope-v1.2.5.tgz
cd cope-v1.2.5
make
五、軟體使用：
直接敲cope命令就會螢幕輸入軟體的幫助資訊。
-a 輸入reads1 檔案，可以為fasta或者fastq格式，支援壓縮
-b 輸入reads2檔案
-o 輸出連線好的長reads檔案
-2 reads1中沒有參與連線的reads
-3 reads2中沒有參與連線的reads
-l 發生連線overlap的下限閾值，預設是10，也就是兩條reads之間的overlap大於10bp就發生連線
-u 發生連線overlap的上限閾值，預設是70
-c 匹配錯誤率的閾值
-b 質量值為2的比率閾值
-n 過濾連線時包含的n鹼基
-t 先選擇一定數量的reads來作為訓練
-s 質量值體系，這個我們在多款軟體中有提到了，這裡面預設是phred 64的模式，現在一般是phred+33的質量值體系，這個地方需要注意一下。
-m 是執行的模式，cope有四種種執行模式。
六、使用案例：
cope -a reads.1.fq.gz -b reads.2.fq.gz -o connect.fq -2 left1.fq -3 left2.fq -m 0 -s 33 >cope.log 2>cope.error
七、注意事項：
1、連線reads之前要知道文庫大小，確認pairend之間有overlap。
2、overlap鹼基位於reads的尾部，這部分區域錯誤率相對高一些，因此必須允許一定的連線錯配。
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