常用工具
psi-blast
psi-balst是一種更加高靈敏的blastp程式，對於發現遠親物種的相似蛋白或某個蛋白家族的新成員非常有效.多用於生成蛋白質的多序列比對(msa)和pssm(特異性位置打分矩陣)。相關指令和生成pssm檔案的**參考：
2.clustal
clustal可以用來發現特徵序列，進行蛋白分類，證明序列間的同源性，幫助**新序列二級結構與**結構，確定pcr引物，以及在分子進化分析方面均有很大幫助。clustal包括clustalx和clustalw（前者是圖形化介面版本後者是命令介面），是生物資訊學常用的多序列比對工具。
cd-hit
cd-hit是用於蛋白質序列或核酸序列聚類的工具，根據序列的相似度對序列進行聚類以去除冗餘的序列，一般用於構建非冗餘的資料集用於後續的實驗分析。官網鏈結(
mmseq2
mmseqs2（多對多序列搜尋）是乙個軟體套件(用於搜尋和聚類巨大的蛋白質和核苷酸序列集。 mmseqs2是開放源**gpl許可的軟體，以c ++實現，適用於linux，macos和windows（作為beta版本，通過cygwin）。 該軟體設計為可在多個核心和伺服器上執行，並具有很好的可伸縮性。 mmseqs2的執行速度比blast快10000倍。 它以其速度的100倍達到了幾乎相同的靈敏度。 它可以執行與psi-blast相同靈敏度的配置檔案搜尋，速度是其400倍以上。
常用資料庫
scop資料庫
scop資料庫將蛋白質按照層級結構進行分類，其從高到低分別為類，摺疊，超家族和家族。
prosite資料庫
uniprot
uniprot是乙個全面的，高質量的，免費使用的蛋白質序列與功能資訊資料庫，許多內容來自基因組計畫，它還包含了大量來自研究文獻的關於蛋白的生物學功能資訊。
pfam
pfam是乙個蛋白質家族資料庫。此資料庫會利用隱馬爾可夫模型進行多重序列比對以及加上蛋白腳注
pfam中所登入的每乙個蛋白質家族可以：
查詢多重序列比對
檢視蛋白質主要結構
檢視物種演化樹
鏈結其他資料庫
檢視已知的蛋白質結構
生物資訊領域常用軟體工具及資料庫
1.psi blast psi balst是一種更加高靈敏的blastp程式，對於發現遠親物種的相似蛋白或某個蛋白家族的新成員非常有效.多用於生成蛋白質的多序列比對 msa 和pssm 特異性位置打分矩陣 相關指令和生成pssm檔案的 參考 2.clustal clustal可以用來發現特徵序列，進...
常用軟體工具
樹莓派學習筆記 常用軟體彙總 分類 樹莓派 2014 03 05 16 50 1075 樹莓派工具 0.前言 學習和使用樹莓派或許會接觸些以前不常用的軟體，下面就推薦幾款常用的軟體。請注意這些軟體都是開源軟體，並且小巧簡單非常使用。如果使用其他類似的樹莓派的卡片電腦，也可以使用這些常用軟體。1.ip...
常用軟體工具推薦
windows上的軟體數不勝數,同一型別的軟體眾多。到底哪一款才是適合你自己的，只有自己親自試用過才知道。以下是我比較喜歡的軟體，特別推薦給各位。強力推薦bandzip 強力推薦火絨安全 不要再用360安全衛士了，太佔據記憶體了 推薦用電腦自帶的防毒軟體，如果不想用自帶的推薦geek軟體 強力推薦e...