一、功能分類：
區域性比對
二、軟體官網：
三、軟體介紹:
blat的全稱是the blast-like alignment tool，可以稱為"類blast 比對工具"，由w.james kent於2023年開發。當時隨著人類基因組計畫的進展，把大量基因和ests 快速定位到較大的基因組上成為一種迫切的需求。
blast 對於這種比對需求有幾個缺陷：
1、速度偏慢；
2、結果難於處理；
3、無發表示出包含內含子的基因定位。
blat比對軟體 就是在這種形勢下應運而生了。
另外，相對於blast，blat使用簡單，速度更快，而且不需要建庫過程，可以輸出多種比對格式的比對結果。
blat特別適合將基因、cds重新定位到染色體上，這個在轉錄組分析中非常有用。在真核生物中，mrna在加工成熟過程中需要切出內含子，轉錄本也存在可變剪下，也就是假設乙個基因有1234四個外顯子，那麼最終得到的cds可能是123，也可能是124，這是如果在將測序出來的轉錄本定位到基因組上，124三個外顯子需要分別定位到三個位子，如果是blast就會斷成3個比對，而blat卻會識別出這是乙個比對，存在多個gap，很好了解決了轉錄本定位到基因組上的問題。
blat的一些重要選項引數。
-nohead 不輸出表頭資訊，這個在進行下一步軟體處理時比較方便，如果對格式很熟悉，不輸出以可以；
-out 選擇輸出格式。可以選擇lastz的axt格式，maf格式，wublast格式和blast m0 m8和m9格式。
-t 和-q和-prot引數指定比對的型別。blat也可以進行氨基酸比對和核酸在氨基酸水平比對。blast是通過-p指定比對型別，而blat則是通過分別指定query和subject的格式來解決這個問題。-t可以等於dna和prot蛋白質和dnax，-q可以等於dna，rna，prot，dnax和rnax等，如果需要核酸序列檔案在氨基酸水平比對，那-t和-q都應該等於dnax，
氨基酸比對時間要慢一些。-prot指定二者都是氨基酸序列。
剩餘很多引數都是用來限制比對條件的，例如是否處理n鹼基gap，重複序列，polya、比對字長、identity，比分等，可以根據具體比對進行調節。
六、使用案例：
blat ref.fna query.fna blat.out
blat genome.fna gene.ffn -out=axt blat.out
七、結果解析：
程式預設輸出為psl格式的列表結果檔案。
psl 格式的結果包含了詳細的比對位置資訊，每一列的意義都 在檔案開頭列出。第1~8列是總體的比對統計，包括精確比對鹼基數、錯配、query 和subject上的gap個數總長等等；第9～17 列是比對位置資訊，包括比對方向、query 和subject 的名字、長度、比對起止位置；18～21 列是顯示每乙個精確比對的block 的資訊，包括blocks 數、每個block的長度和在query、subject上的位置。
對於psl輸出結果，需要注意幾點。
1、blat 的結果在subject 上允許存在很大的gap（intron 區域），所以同乙個結果在query和subjects 上覆蓋的區域可能會相差很多，這一點與blast 不同。
2、在基因對基因組的 比對中，block 的個數不能等同於exon 的個數。因為blat 對block的定義是乙個沒有插入缺失的比對，任何 插入或者缺失的鹼基都會使乙個block 終止，所以乙個exon 很可能是由很多blocks 構成的。因此exon 和intron 的個數 要通過足夠大的gap 來判斷。
3、psl 結果裡面鹼基位置的計算是從0 開始的而不是1。
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