編者按
trf可以用於串聯重複序列的查詢，因為這是基因組上的顯著特徵，因此查詢起來並不難，這個串聯重複序列也就是所謂的拷貝數變異cnv。那麼為何不能用trf來找cnv呢，其實是完全可以的，現在沒法這麼用，是因為無法得到全基因組序列。
一、功能分類：
串聯重複序列**
二、軟體官網：
三、軟體介紹:
trf是（tandem repeat finder）的簡稱，用來搜尋dna 序列中的串聯重複序列（即相臨的重複兩次或多次特定核酸序列模式的重複序列）。重複單元可以從1bp 到500bp，dna 查詢序列大小可以超過5m。
mv trf409.linux64 trf
五、軟體使用：
trf file match mismatch delta pm pi minscore maxperiod
軟體首先輸入要**串聯重複序列的基因組檔案，後面跟幾組必須的值。
首先接file，
file: fasta 格式的dna 輸入序列.
match：匹配上
mismatch：沒匹配上
delta: 插入的權重值。低的權重值將允許更多的「沒匹配上」、「插入」的情況。匹配上的權重值「2」已被證明對「沒匹配上」、「插
入」的罰分權重值在3-7 範圍內都是有效的。「沒匹配上」、「插入」的罰分權重值將被 自動解釋為負值。「3」就比較寬鬆，「7」就比較嚴格。
對match, mismatch, delta 的推 薦預設值分別為2, 7, 7。
pm 是指比上的概率，可選擇的pm 數值為80 和75，
pi 是插入的概率：可選擇的pi 數值為10 和20。最好效果的引數是pm=80 和pi=10。引數pm=75 和pi=20 給出的結果與 「pm=80 和pi=10」的結果相似，但執行時間幾乎慢了10 倍。
minscore: 被匹配上的串聯重複序列的最小分值。比如，我們設定了match=2，minscore=50， 那麼就要求最少有25bp 被完全比上（比如，5bp 的重複單元，重複5 次）。
maxperiod: 最大的重複單元bp 數。
下面是一些可選的選項
-m: 該引數將產生乙個將串聯重複序列遮蔽為n 的序列檔案。
-f: 該引數將輸出每一串聯重複序列兩側200bp 的側翼序列，輸出到比對檔案中。
-d: 該引數將產生乙個遮蔽檔案，記錄了與列表檔案一樣的資訊，及比對資訊，可用於後續程 序的處理。
六、使用案例：
trf seq.fa 2 7 7 80 10 50 500 -f -d -m
七、結果說明：
最終會生成.mask .dat .html格式結尾的結果檔案，
*.dat 「-d」引數產生的遮蔽的串聯重複序列資訊檔案
*.mask「-m」 引數產生的串聯重複序列被遮蔽為n 的序列檔案
*.html 記錄串聯重複序列資訊的檔案
*.txt.html 記錄相關串聯重複序列比對資訊的檔案
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