通哥點評
與rnammer工具類似，trnascan專門用於轉運rna的**，由於轉運rna具有固定模式，而且非常顯著的倒三葉草模式，因此**並不難，準確性也比較高，所以，在這個分析方面基本上沒有對手，也沒有太多類似的工具，對於trna**，掌握這一款工具就差不過夠了。
一、功能分類：
轉運rna**
二、軟體官網：
五、軟體使用：
直接敲trnascan-se命令，就會輸出軟體的幫助資訊。
-b/-p 搜尋細菌類的trna ，如果是細菌就選擇-b或-p
-a 搜尋古菌類的trna
-o 搜尋細胞器的trna，如線粒體和葉綠體
-g 一般真核細胞的trna
-o 最終的結果檔案
-f 生成的trna 二級結構檔案
-m 生成的統計結果檔案
-a 生成acedb 格式的結果
-h 為輸出一級和二級結構的分值
-q 為安靜模式執行
-h 則為答應幫助資訊
六、使用案例：
trnascan-se -b -o trnascan.out -f trnascan.out.structure -m stat.list o157.fna
七、常見問題：
1、軟體預設安裝到home目錄下，可以修改makefile中的$home變數進行修改；
2、需要將程式目錄新增到export perl5lib變數中，否則會提示找不到perl模組；
3、原始的輸出結果只是列表形式的結果，需要自己從原始檔案中提取出序列。
生物資訊百Jia軟體（八） blat
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生物資訊百Jia軟體（十三） clustalw
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生物資訊百Jia軟體（十九） cope
通哥點評 cope也是華大團隊出品的一款軟體，和soap系列其他軟體類似，功能強大，使用簡單，支援多種模式進行具有overlap的pairend reads進行連線，連線的效果非常不錯，其實我覺得要比flash，fastq join這些工具好用的。一 功能分類 pairend read連線工具 二 ...