1. psi-blast
psi-balst是一種更加高靈敏的blastp程式，對於發現遠親物種的相似蛋白或某個蛋白家族的新成員非常有效.多用於生成蛋白質的多序列比對(msa)和pssm(特異性位置打分矩陣)。相關指令和生成pssm檔案的**參考：
2.clustal
clustal可以用來發現特徵序列，進行蛋白分類，證明序列間的同源性，幫助**新序列二級結構與**結構，確定pcr引物，以及在分子進化分析方面均有很大幫助。clustal包括clustalx和clustalw（前者是圖形化介面版本後者是命令介面），是生物資訊學常用的多序列比對工具。
3. cd-hit
cd-hit是用於蛋白質序列或核酸序列聚類的工具，根據序列的相似度對序列進行聚類以去除冗餘的序列，一般用於構建非冗餘的資料集用於後續的實驗分析。官網鏈結(
4. mmseq2
mmseqs2（多對多序列搜尋）是乙個軟體套件(用於搜尋和聚類巨大的蛋白質和核苷酸序列集。 mmseqs2是開放源**gpl許可的軟體，以c ++實現，適用於linux，macos和windows（作為beta版本，通過cygwin）。 該軟體設計為可在多個核心和伺服器上執行，並具有很好的可伸縮性。 mmseqs2的執行速度比blast快10000倍。 它以其速度的100倍達到了幾乎相同的靈敏度。 它可以執行與psi-blast相同靈敏度的配置檔案搜尋，速度是其400倍以上。
1. scop資料庫
scop
資料庫將蛋白質按照層級結構進行分類，其從高到低分別為類，摺疊，超家族和家族。
2. prosite資料庫
3. uniprot
uniprot是乙個全面的，高質量的，免費使用的
蛋白質序列
與功能資訊資料庫，許多內容來自
基因組計畫
，它還包含了大量來自研究文獻的關於蛋白的生物學功能資訊。
4. pfam
pfam是乙個蛋白質家族
資料庫。此資料庫會利用
隱馬爾可夫模型
進行多重序列比對
以及加上蛋白腳注
pfam中所登入的每乙個蛋白質家族可以：
生物資訊領域常用軟體工具及資料庫
常用工具 psi blast psi balst是一種更加高靈敏的blastp程式，對於發現遠親物種的相似蛋白或某個蛋白家族的新成員非常有效.多用於生成蛋白質的多序列比對 msa 和pssm 特異性位置打分矩陣 相關指令和生成pssm檔案的 參考 2.clustal clustal可以用來發現特徵序...
常用軟體工具
樹莓派學習筆記 常用軟體彙總 分類 樹莓派 2014 03 05 16 50 1075 樹莓派工具 0.前言 學習和使用樹莓派或許會接觸些以前不常用的軟體，下面就推薦幾款常用的軟體。請注意這些軟體都是開源軟體，並且小巧簡單非常使用。如果使用其他類似的樹莓派的卡片電腦，也可以使用這些常用軟體。1.ip...
常用軟體工具推薦
windows上的軟體數不勝數,同一型別的軟體眾多。到底哪一款才是適合你自己的，只有自己親自試用過才知道。以下是我比較喜歡的軟體，特別推薦給各位。強力推薦bandzip 強力推薦火絨安全 不要再用360安全衛士了，太佔據記憶體了 推薦用電腦自帶的防毒軟體，如果不想用自帶的推薦geek軟體 強力推薦e...