徑向分布函式

rdf是徑向分布函式的radical distribution function的縮寫，指的是給定乙個空間，在此空間以乙個物件為中心，去尋找周圍物件的的概率。對於分子模擬的徑向分布函式實則也是求解粒子在週期性邊界盒子的區域密度和全域性密度的比值。

區域密度實則就是每乙個球殼的數密度/球殼體積

全域性密度實則就是盒子裡面的粒子總數/盒子的體積

首先我們需要知道空間每乙個粒子的座標，即xyz座標；然後選定盒子的幾何中心為研究中心，則通過去計算已知i原子得到j原子的概率。演算法核心在於如何尋找每乙個球殼層的粒子數目。

c++**演示rdf核心演算法如下：

void calculaterdf()

{//初始化引數
int num=molecules.size() ;                         %分子數目
double global_rho=num/a_length*b_length*c_length;  %全域性密度
double ix,iy,iz;                                   % i分子的xyz座標
double jx,jy,jz;                                   %j分子的xyz座標
double dx,dy,dz;                                   %相鄰分子對的xyz差值
//遍歷計算
for(int i=0;imolecule_x;

用Python實現徑向分布函式（RDF）的計算

首先，因為我需要讀lammps的輸出的dump檔案，所以readxyzufile 所實現的是讀入dump檔案的功能。然後進入正題，說白了，計算rdf就是計算粒子與粒子之間的距離，並按照距離的遠近進行統計。在這裡說明一下，為了能夠使 可以計算包含兩種粒子的體系，在一些細節方面會有些小的變動。wrap ...

徑向基函式

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