生物資訊_soapalign_引數設定_例子
跑soapalign之前要建庫
/dir/2bwt-builder
注：會得到一堆的.index檔案，.index指代建庫產生的一系列檔案
跑soapalign
例：/dir/soap -d .index -t -l 35 -v 4 -m 28 -x 481 -g 1 -p 4 –a pe_1.fq.gz -b pe_2.fq.gz -o/outfile/pe.soap -2 /outfile/pe.single -u /outfile/pe.unmap 2>>/outfile/soap.log
-d .index
接建庫以後的index，也就是處理後的ref
-t輸出reads的id而不是輸出reads的name
-l 《數字》
對於長reads的3'端有高的錯誤率，因此不能完全比對上去，優先考慮比對5'端的這麼多《數字》bp的鹼基作為種子。如果設定
為256，那就是用read的全長。
-v 《數字》
一條reads內允許的mismatch數
-m 《數字》
最小insert size的長度，針對pe的
-x 《數字》
最大insert size的長度，針對pe的
-g 《數字》
允許gap的數目
-p 《數字》
執行緒數，越大越快撒
-a 接pe結果1
-b 接pe結果2
-o 輸出alignment的結果
-2 輸出比對上的但是不成對的結果。
-u 輸出比對不上的結果
例：/dir/soap -v 5 -l 35 -s 40 -m 0 -x 500 -p 4 -r 1 -n 0 -d .index -a pe_1.fq.gz -b pe_2.fq.gz -o/outfile/pe.soap -2 /outfile/pe.single -u /outfile/pe.unmap
-s 《數字》
最小比對上的長度
-m 《數字》
最小insert size的長度，這裡設為0
-r 《數字》
數字為1的時候repeat hits輸出隨機的乙個，0就是乙個都不輸出，2就是輸出全部
-n 《數字》
比對前過濾含大於《數字》個n的reads
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