bgi開發的一款web工具,用於視覺化go注釋結果。自己平時不用,但要介紹給別人,簡單記錄下要點,避免每次授課前自己忘了又要摸索。
匯入檔案到灰色框中,可同時匯入多個檔案進行比較(點一次彈出一次)。支援多種檔案格式匯入,如果是自己匯入,可另存為txt匯入,通常我們做go注釋後,會有這樣乙個基因和go對應關係的檔案:
如果是要做個樣本比較的話,每個樣本乙個檔案匯入,這樣才好比較。
也可用launch wego demo直接用demo資料,預設gaf format,這是interproscan注釋的結果檔案,開啟的話也是同上乙個基因對應多個go編號的格式。
wego目前支援常見9種物種的視覺化。一般匯入檔案後,系統會自動根據go編號識別,無需選擇物種。如果選擇物種,系統會將物種全部go注釋結果作為乙個樣本可匯入的樣本比較。
提交後,得到如下結果。如果基因數目多,可能會花費一段時間。
最上方是注釋的結果,包括每個樣本全部注釋的情況和三個本體注釋結果。
go tree是以樹的形式展示結果,go term是分層級的,三個本體是level 1,依次下去level 2——level 6。show go level是說要展示到第幾層級結果,如下圖,展示到level 4,注意要點選display按鈕。
後乙個按鈕select go level是說我們要選擇第幾層結果,比如我選擇2,點選select按鈕後,就只選擇了所有level 2結果:
三個本體都是這樣的:
graph就是視覺化結果。這個結果是基於以上選擇的level做出來的。
大小、主題、顏色、標籤、匯出格式等都可自己選擇。
而且,還有乙個富集分析的柱形圖結果,閾值什麼的都可以自己調整。
很簡單有木有?其實官網的文件也介紹得很詳細了,不懂去看看。可是我英語很爛,頭疼。。。
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