lammps建模 LAMMPS命令建模模板的完善

2021-10-14 06:38:20 字數 1172 閱讀 9616

前幾天參考eric n. hahn大神的in檔案內的石墨烯建模發了乙個lammps命令建模模板的推文,由於本人太懶,沒仔細檢查,不好意思了~後面網友提醒,其中的c原子的排列規則定義有問題,形狀沒問題但是c-c之間的距離卻遠小於1.4埃,後經過檢測,發現這是由於沒有加units metal指令,而lammps預設的units型別是lj,從而會導致這種詭異的問題,之前若對你們造成了困惑,在此表示歉意~。感謝網友「人生何處不清衫的提醒了」~

更新後的模板如下所示:

units metal

#units型別根據具體模型進行選取~

boundary p p p

#週期性條件和採用其它邊界條件所構建的模型也有區別,根據情況選取,lammps預設三個方向均為週期性~

atom_style atomic

#告訴lammps你的模型中包含什麼(鍵角,電荷還是只有原子)

lattice custom 2.4595 a1 1.00000 0 0 &

a2 0 1.73203 0 &

basis 0 0 0 &

basis 0.5 0.16666666666666666 0 &

basis 0.5 0.5 0 &

basis 0 0.6666666666666666 0

#定義原子排列規則

region box block -210 210 -240 240 -5 200 units lattice

#劃分盒子區域

create_box 1 box

#定義盒子內包含的原子種數

region graphene block -210 210 -240 240 0 0.1 units lattice

#在盒子內劃出乙個區域

create_atoms 1 region graphene

#按照定義好的原子排列規則在graphene區域中填充型別1的原子

mass * 12.011

#定義原子質量

write_data struc.lmp

#輸出lammps可以讀取的data檔案

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