北京軟研國際資訊科技研究院 互動派（北京）教育科技****
二零二零年九月一日 二零二零年九月一日
四、培訓課表：
「lammps分子動力學模擬技術與應用」專題線上培訓
課 程 內 容
第一天 上午
lammps基礎 1 分子動力學模擬入門理論——掌握lammps的in檔案中各命令的意義
1.1系綜理論
1.2主要演算法介紹
1.3積分步長的選取
1.4溫度和壓力控制
1.5週期性邊界條件
1.6分子動力學模擬流程
第一天下午
lammps入門學習 2 lammps入門操作基礎
2.1 linux命令入門基礎——掌握執行lammps常用的linux命令
2.2 lammps中一些安裝包的介紹——為以後建立自己體系進行選擇性安裝
2.3 lammps的linux版序列和並行及gpu版編譯安裝——掌握lammps的編譯方法，針對自己體系編譯可執行檔案。
2.4 lammps的in檔案結構格式，基本語法及常用命令講解、data檔案格式。
2.5 lammps例項講解。
例項操作：在linux系統編譯安裝自己的lammps可執行程式，並執行乙個例子。
第二天 上午
lammps的建模1 3 lammps建模——掌握基本操作流程
3.1 lammps各種引數計算
3.1.1 顆粒模擬
3.1.2 視覺化快照
3.1.3 彈性常數模擬
3.1.4 計算熱導率
3.1.5 計算粘度
3.1.6 計算均方位移
3.1.7 計算徑向分布函式
3.1.8 計算擴散係數
3.1.9 計算能量資料
3.1.10 lammps常見錯誤及解決途徑
例項操作：學員結合自己的科研方向，選擇執行契合自己研究方向的例子
3.2 lattice命令語法學習及建模實操（金屬、合金等晶體建模）
3.3 packmol 建模語法學習及建模實操（含多種分子成分的模擬體系建模）
例項操作：把上述實操模型轉換成lammps的data檔案
第二天 下午
lammps的建模2 4 lammps建模——掌握基本操作流程
4.1 根據分子結構繪製小分子模型、多個模型的合併處理，新增力場及使用msi2lmp.exe工作得到data檔案
4.2 vmd、ovito建模學習及實操（用於建模\模型及軌跡檔案顯示分析處理等）
例項操作：把上述實操模型轉換成lammps的data檔案
第三天從examples的簡單例子學起 5 通過examples中的例子，理解要模擬物件的物理意義
5.1 執行examples\flow 兩個簡單例子並做視覺化處理
練習與思考：
5-1 把二維couette流動擴充套件成三維，並輸出流體的速度和密度分布
5-2 把二維poiseuille流動擴充套件成三維，並輸出流體的速度和密度分布
5-3 建立三維管道內的poiseuille流動
5-4 進行石墨烯通道內的couette流動和poiseuille流動模擬
5-5 調節通道表面電荷性質、親疏水性質，分析其對流動性質的影響
5-6 模擬體系中水更改為kcl溶液
5.2 執行並理解examples\shear 到石墨烯、金屬鈦拉壓模擬
5.3 執行並理解examples\friction 到金屬/合金的摩擦模擬
第四天理解並復現文獻內容1
環氧樹脂在二氧化矽表面吸附模擬(cvff力場) 6 環氧樹脂在二氧化矽表面吸附吸能的影響
五、往期培訓：
Gromacs分子動力學模擬流程概述
gromacs分子動力學模擬主要可以分為以下幾個步驟，不同的體系步驟可能略有不同。在開始之前，先簡單了解一下預平衡 分子動力學模擬的最終目的是對體系進行抽樣，然後計算體系的能量，各種化學鍵，成分分析等等。打個比方說，我們有乙個蛋白質，我們想將它放入一種溶液中 可能是水，也可能不是 然後看看這個體系的...
機器學習助推分子動力學模擬
今天介紹一篇文章，使用神經網路將分子動力學第一原理計算推進到新的尺度和精度。分子動力學模擬一般被用來揭示化學反應的微觀物理過程，用於光合作用，新藥尋找，奈米材料性質 等等。劉慈欣告訴我們，經典力學下的三體運動已經非常複雜，而量子力學統治下的多體相互作用，計算複雜度更是高到天際。分子動力學模擬要根據每...
分子動力學模擬 VMD多分子處理及指令碼（2）
file new molecule browse name.pdb load 將工作目錄指定到正確的路徑 cd 目錄執行模擬 mol new name.pdb和匯入晶體結構資訊一樣，但是檔案字尾為psf 在main視窗選中psf 然後右鍵，選擇load data to the molecule 出現...