例項二(1)
由於分子動力學的結果一般要經過多次模擬,再進行統計分析,所以為了簡化我們交作業時的繁雜過程,在正式介紹例項二之前,這裡先介紹乙個lammps中常用的迴圈計算方法(輔助命令variable, clear, jump,next 以及quit命令的結合使用,以之前介紹的弛豫過程為例,in.relax):
其中:variable i loop 5
表示定義迴圈5次;
variable seed index 666 888 999 1010 555
表示seed 可以取的數字,用於更換velocity命令中的隨機數;
clear表示清除之前的所有定義,避免重複導致的報錯;
next i
next seed
表示變數i以及seed的值換為下乙個值;
jump in.relax
表示再次進入in.realx檔案重新執行其中命令;
quit表示迴圈結束後退出迴圈;
注:定義的變數i可以用於輸出的檔名,來觀察不同seed情況下的弛豫情況:
dump 1 all custom 100 w.$.xyz id type x y z
最後可以得到5個體系弛豫的軌跡檔案:
注:lammps中提供的迴圈方法不僅能幫助提公升交作業的效率,而且能夠幫助建立合理的模擬環境~武漢加油!!!!!!!!中國加油!!!!!!!!堅持就是勝利!!!!!!
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