Ubuntu安裝並行Lammps

2021-10-23 05:47:25 字數 3447 閱讀 3188

sudo


su#開啟管理員模式，輸入密碼後繼續


apt-get


install gcc				#安裝gcc


apt-get


install g++				#安裝g++


apt-get


install gfortran		#安裝gfortran


apt-get


install


make


#安裝make
在home目錄下開啟終端：

#新建lammps資料夾


mkdir lammps


#進入lammps


cd lammps
wget

wget

wget 

#解壓後為fftw-3.3.8


tar -xvf fftw-3.3.8.tar.gz


#解壓後為mpich-3.3.2


tar -xvf mpich-3.3.2.tar.gz


#解壓後為lammps-3mar20


tar -xvf lammps-stable.tar.gz
進入/lammps-3mar20/src/make/options路徑下，從makefile.fftw檔案可知lammps預設fftw呼叫路徑為/usr/local，為了後續編譯lammps方便，將fftw安裝到此路徑下。

cd fftw-3.3.8
sudo ./configure --prefix=/usr/local --enable-float
./configure --prefix=/usr的解釋

linux ./configure --prefix命令

sudo


make -j 		#-j意為呼叫編譯無核數限制


sudo


make


install


#凡事sudo就完事兒了，我之前沒sudo出過問題


cd


#返回根目錄
進入\lammps-3mar20\src\make\options路徑，開啟makefile.g++_mpich_link檔案，通過檢視以下內容可知lammps預設mpich呼叫路徑為/usr/local。

cd lammps/mpich-3.3.2
sudo ./configure --prefix=/usr/local
sudo


make -j


sudo


make


install


cd


..#返回上級目錄


cd lammps/lammps-3mar20/src
sudo


make mpi -j
成功的話會生成lmp_mpi的檔案

注意：lammps預設安裝3個依賴包，manybody，kspace，molecule。如果還有其它依賴包需要，只需要在/lammps-3mar20/src 資料夾下分別輸入指令：

1.	make package-status（檢視依賴包狀態）


2.	make yes-***（安裝***依賴包）


3.	make no-***（刪除***依賴包）


4.	make mpi -j
重新生成可執行檔案lmp_mpi就可

注意：不要make yes-all，會卡住。。。根據自己需求的package安裝即可，初次安裝我就加了manybody, kspace, molecule這三個包:

make yes-manybody


make yes-kspace


make yes-molecule


sudo


make mpi -j


#返回根目錄


cd
#進入shear資料夾


cd lammps/lammps-3mar20/examples/shear


#vi in.shear
取消注釋：#dump 1 all atom 100 dump.shear，儲存退出後執行測試

/usr/local/bin/mpirun -np 6 /home/yuabaoqiang/lammps/lammps-3mar20/src/lmp_mpi < in.shear
執行介面：dump檔案：為了簡化執行命令，可以將執行檔案所在的資料夾寫入path路徑

桌面開啟終端：

vi .bashrc
直接在最下面新增文字：

注意檔案路徑書寫根據自己實際情況來。

export path=/usr/local/bin:/usr/local/lib:/usr/local/include:/home/yuanbaoqiang/lammps/lammps-3mar20/src:$path
#使環境生效


source .bashrc


cd lammps/lammps-3mar20/examples/shear
mpirun -np 6 lmp_mpi < in.shear
然後完美執行～

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