使用TEclass對TE一致性序列進行分類

2021-09-29 03:43:58 字數 1552 閱讀 4732

軟體位址在 由於teclass這個軟體已經許久沒有更新了，因此還要講解下安裝步驟。

wget 


tar xf teclass-2.1.3.tar.gz


cd teclass-2.1.3


sh download_dependencies.sh
例如blast

curl -o 'blast.tar.gz'
編譯依賴的軟體

安裝過程

安裝teclass, 這一步可以跳過 repbase的配置。

perl configure.pl


``安裝預編譯的分類器


```bash


wget 


mv classifiers.tar.gz classifiers


tar xf classifiers.tar.gz
測試執行

./teclasstest.pl ./testfile.fa
如果是單核處理器，可能要花費數週的時間，所以建議用上你的所有執行緒。

/teclassbuild.pl -x 0  -o new_classifiers -p 99
在repeatmodeler建模後，提取unknown序列使用teclasstest進行歸類，假如輸入檔案命名為modelerunknown.lib

teclasstest modelerunknown.lib
結果在modelerunknown.lib_***x,***x是你執行日期。

modelerunknown.lib # 輸入檔案


modelerunknown.lib.html 


modelerunknown.lib.lib # 輸出結果


modelerunknown.lib.stat #結果統計
modelerunknown.lib.lib中的fasta會有分類資訊，如

>rnd-1_family-12#unknown ( repeatscout family size = 705, final multiple alignment size = 88, localized to 114 out of 117 contigs )|teclass result: ltr|forward|orfs: 583..2355:+1
其他引數:

參考文獻: teclass: a tool for automated classification of unknown eukaryotic transposable elements

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