mvista可對2個或者多個dna序列進行比較,可以對比對結果進行視覺化。詳情請大力戳這裡
mvista 需要輸入的檔案有如下幾類
必須檔案
可選檔案
< 106481 116661 gene1
106481 106497 utr
107983 108069 exon
109884 110033 exon
111865 112023 exon
> 39424 42368 gene2
39424 39820 exon
41401 42368 exon
> 77817 81088 gene3
77817 78820 utr
79538 80107 exon
給出基因的起始,終止座標; '>', '
上述格式檔案可以通過 ensembl genome browser快速匯出具體請看
選擇3個測試資料進行檢驗
step 1 選擇比對序列條數
step 2 上傳序列以及注釋檔案並提及即可
其中注釋檔案的格式利用指令碼進行轉換(指令碼進行稍微修改,省下自己寫,感謝好人),即注意正負鏈,以及換行。上傳ref的注釋檔案即可。
結果則會得到3中型別檔案
點選pdf,可檢視比對結果,如下所示
其中cns:保守非編碼序列 (conserved non-coding sequences)
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