diff_gene.entrez檔案，是通過各種差異基因軟體找出來的差異基因的entrez id號列表，每乙個id號一行，幾百個差異基因就幾百行
上述**為差異基因的kegg pathway富集分析結果**。
id： kegg 資料庫中通路唯一的編號資訊。
description ：gene ontology功能的描述資訊
generatio：差異基因中與該term相關的基因數與整個差異基因總數的比值
bgration：所有（ bg）基因中與該id相關的基因數與所有（ bg）基因的比值
pvalue: 富集分析統計學顯著水平，一般情況下， p-value < 0.05 該功能為富集項
p.adjust 矯正後的p-value
qvalue：對p值進行統計學檢驗的q值
count：差異基因中與該term相關的基因數
setwd("c:\\users\\administrator\\desktop\\ref")
a=read.table("diff_gene.entrez")
require(dose)
require(clusterprofiler)
gene=as.character(a[,1])
ego <- enrichgo(gene=gene,organism="human",ont="cc",pvaluecutoff=0.01,readable=true)
ekk <- enrichkegg(gene=gene,organism="human",pvaluecutoff=0.01,readable=true)
write.csv(summary(ekk),"kegg-enrich.csv",row.names =f)
write.csv(summary(ego),"go-enrich.csv",row.names =f)
gsea富集分析結果怎麼看 單基因聯合自噬分析
identification of molecular correlations of rbm8a with autophagy in alzheimer s disease 二.文章思路 三.結果解讀 1.識別ad中差異表達的基因 作者探索rbm8a在ad中的作用使用的是gse33000資料集，樣...
GO富集分析 訊號通路
基因富集分析是分析基因表達資訊的一種方法，富集是指將基因按照先驗知識，也就是基因組注釋資訊進行分類。訊號通路是指能將細胞外的分子訊號經細胞膜傳入細胞內發揮效應的一系列酶促反應通路。這些細胞外的分子訊號 稱為配體，ligand 包括激素 生長因子 細胞因子 神經遞質以及其它小分子化合物等。富集性分析應...
go分析和kegg分析 GO富集分析 KEGG
time 2017 10 8 author feng shengyu 一 安裝必須的r包 推薦使用的r版本3.2.2 必須要安裝的包 1 clusterprofilter source bioclite clusterprofilter 2 org.mm.eg.db org.hs.eg.db 對應需...