如何優雅展示GO富集結果

不知道分析過轉錄組的小夥伴有沒有碰到過這樣的問題：轉錄組後續做go富集的時候，發現最前面的那些term其實對應的基因都差不多，如果選前幾個畫圖，可能說明的只是一件事。我一般是手動選，在足夠顯著的前提下，選擇幾個不一樣的term來畫圖（當然還得符合預期）。今天就發現了乙個網頁工具，可以對（語義）相似的go term進行聚類，然後選出每個cluster中的代表term，同時不得不提該工具的圖形展示，個人覺得相當好看。

先看圖：

該工具支援大部分的模式物種：homo sapiens (human), gallus gallus (chicken), bos taurus (cow), canis familiaris (dog), mus musculus (mouse), rattus norvegicus (rat), caenorhabditis elegans (nematode), arabidopsis thaliana (thale cress), drosophila melanogaster (fruit fly), saccharomyces cerevisiae (budding yeast),and danio rerio (zebrafish)

使用很簡單，只需額外提供差異分析得到的基因集，以hgnc symbols命名。

用法如下：

#我用的時候不能上傳差異基因檔案，所以就轉換了一下，複製貼上上去的

$ less -s 0317.txt | awk '' | cat
gzmk,ccl4l2,ccl4,gzmh,cmc1,nkg7,cst7,tuba4a,cd8b,itm2c,cd8a
......

整個富集、聚類、繪圖過程，300個差異基因不到5分鐘，在可接受範圍之內

最終結果展示是這樣的

左邊顯示區可以放大、縮小、拖拽，右上角可以儲存svg，以及富集結果的**

後續可以在svg檔案的基礎上做一些細節的修改，如果覺得網頁找的代表性term不準確，也可以自己根據**修改。**長這樣

整體來看，這個工具的繪圖很讚，值得一試！

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