5 基因組索引檔案建立 STAR

1.指令碼

1

#!/bin/bash2#
使用star軟體建立人類hg38基因組索引
34 fa_dir="
/home/shenqingsong/project/rna-seq/reference/hg38/hg38.fa
"5 gtf_dir="
/home/shenqingsong/project/rna-seq/reference/hg38/homo_sapiens.grch38.105.chr.gtf
"6 mkdir -p "
/home/shenqingsong/project/rna-seq/reference/index/star/hg38"7
8 star --runmode genomegenerate \
9      --runthreadn 4\
10      --genomedir "
/home/shenqingsong/project/rna-seq/reference/index/star/hg38"\
11      --genomefastafiles $fa_dir
\12      --sjdbgtffile $gtf_dir
\13      --sjdbgtfchrprefix "
chr"
\14      --sjdboverhang 149

2 --runthreadn：　　執行的執行緒數，根據你自己電腦的配置來設定，數字越大執行越快

3 --genomedir：　　這個引數很重要，是存放你生成index的檔案路徑，需要你事先建立乙個有可讀寫許可權的資料夾

4 --genomefastafiles 　　基因組fasta格式檔案路徑

5 --sjdbgtffile 　　gtf注釋檔案路徑

6 --sjdboverhang 　　這個值為你測序read的長度減1，是在注釋可變剪下序列的時候使用的最大長度值

7 --sjdbgtfchrprefix -

3.注意事項

基因組資料注釋常用的檔案 Bed檔案和GFF檔案

原文 genomic features通常使用browser extensible data bed 或者 general feature format gff 檔案表示，用ucsc genome browser進行視覺化比較。bed檔案和gff檔案最基本的資訊就是染色體或contig的id或編號，...

實現索引檔案建立和查詢演算法

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實驗題目 實現索引檔案建立和查詢演算法 實驗內容 編寫程式，實現檔案訪問。設有兩個檔案 資料主檔案data.dat和 索引檔案index.dat。資料主檔案由記錄學生基本情況的若干條記錄組 成。索引檔案的每個記錄由兩個字段組成 學號及學生基本情況記錄 在資料檔案中的相應位置，索引檔案中的記錄按學號公...