canu是celera的繼任者，能用於組裝pacbio和nanopore兩家公司得到的測序結果。
canu分為三個步驟：糾錯，修整和組裝。
wget -c -o pacbio.fastq
wget -c -o oxford.fasta
為了測試方便，這裡沒有從 canu 的原始碼編譯，而是直接使用的 docker 容器來測試。
為了從 quay.io 獲取 canu 映象，需要先註冊乙個賬號，註冊比較簡單，就是填個**就行了。
sudo docker login quay.io
sudo docker pull quay.io/biocontainers/canu:1.7.1--pl526h470a237_0
sudo docker run -it --rm -v `
pwd`
:/canu quay.io/biocontainers/canu:1.7.1--pl526h470a237_0 bash
canu -correct \
-p ecoli -d ecoli-pacbio \
corthreads=32 coroutcoverage=120 cormincoverage=2 \
gnuplottested=true \
genomesize=120m minreadlength=2000 minoverlaplength=500 \
maxmemory=500g maxthreads=32 \
ovsmemory=1-32g ovsthreads=16 ovsconcurrency=16 \
ovbmemory=1g ovbconcurrency=16 oeathreads=16 \
-pacbio-raw pacbio.fastq
canu -trim \
-p ecoli -d ecoli-pacbio \
gnuplottested=true \
genomesize=120m minreadlength=2000 minoverlaplength=500 \
maxmemory=500g maxthreads=32 \
ovsmemory=1-32g ovsthreads=16 ovsconcurrency=16 \
ovbmemory=1g ovbconcurrency=16 oeathreads=16 \
-pacbio-corrected ecoli-pacbio/ecoli.correctedreads.fasta.gz
canu -assemble \
-p ecoli -d ecoli-pacbio \
gnuplottested=true \
genomesize=120m minreadlength=2000 minoverlaplength=500 \
maxmemory=500g maxthreads=32 \
ovsmemory=1-32g ovsthreads=16 ovsconcurrency=16 \
ovbmemory=1g ovbconcurrency=16 oeathreads=16 \
correctederrorrate=0.050 \
-pacbio-corrected ecoli-pacbio/ecoli.trimmedreads.fasta.gz
canu -correct \
-p ecoli -d ecoli-oxford \
corthreads=32 coroutcoverage=120 cormincoverage=2 \
gnuplottested=true \
genomesize=120m minreadlength=2000 minoverlaplength=500 \
maxmemory=500g maxthreads=32 \
ovsmemory=1-32g ovsthreads=16 ovsconcurrency=16 \
ovbmemory=1g ovbconcurrency=16 oeathreads=16 \
-nanopore-raw oxford.fasta
canu -trim \
-p ecoli -d ecoli-oxford \
gnuplottested=true \
genomesize=120m minreadlength=2000 minoverlaplength=500 \
maxmemory=500g maxthreads=32 \
ovsmemory=1-32g ovsthreads=16 ovsconcurrency=16 \
ovbmemory=1g ovbconcurrency=16 oeathreads=16 \
-nanopore-corrected ecoli-oxford/ecoli.correctedreads.fasta.gz
canu -assemble \
-p ecoli -d ecoli-oxford \
gnuplottested=true \
genomesize=120m minreadlength=2000 minoverlaplength=500 \
maxmemory=500g maxthreads=32 \
ovsmemory=1-32g ovsthreads=16 ovsconcurrency=16 \
ovbmemory=1g ovbconcurrency=16 oeathreads=16 \
correctederrorrate=0.050 \
-nanopore-corrected ecoli-oxford/ecoli.trimmedreads.fasta.gz
建立乙個 spec 檔案，比如：myspec.txt，內容如下：
usegrid=1
gridoptions=-s /bin/bash -q all.q -l mem_free=32g
gridenginethreadsoption=-pe mpi threads
gridenginememoryoption=-l mem_total=memory
ovbmemory=8g
maxmemory=64g
maxthreads=32
ovsmemory=8-64g
ovsthreads=4
oeathreads=4
# 使用 pacbio 資料測試
canu -s myspec.txt -p ecoli -d ecoli-pacbio gnuplottested=true genomesize=120m -pacbio-raw pacbio.fastq
# 使用 oxford nanopore 資料測試
canu -s myspec.txt -p ecoli -d ecoli-oxford gnuplottested=true genomesize=120m -nanopore-raw oxford.fasta
三代組裝 使用Canu對三代測序進行基因組組裝
canu是celera的繼任者，能用於組裝pacbio和nanopore兩家公司得到的測序結果。canu分為三個步驟，糾錯，修整和組裝，每一步都差不多是如下幾個步驟 這三步可以分開執行，既可以用canu糾錯後結果作為其他組裝軟體的輸入，也可以將其他軟體的糾錯結果作為canu的輸入，因此下面分別執行這...
使用Canu對三代測序進行基因組組裝
canu是celera的繼任者，能用於組裝pacbio和nanopore兩家公司得到的測序結果。canu分為三個步驟，糾錯，修整和組裝，每一步都差不多是如下幾個步驟 這三步可以分開執行，既可以用canu糾錯後結果作為其他組裝軟體的輸入，也可以將其他軟體的糾錯結果作為canu的輸入，因此下面分別執行這...
震網三代利用
筆者在最近想了個問題，學校機房關閉進不去，然後教師機子無ip如何黑入，而且不在同乙個網段下面，如何入侵呢，於是看到了一篇關於隔離網路攻擊的文章。想到了一年前乙個漏洞，於是測試開始。首先我們來了解一下 震網三代 環境 ubuntu16.04 vmware14 and win7 x64 msf首先我們開...