三代技術的優缺點都很明顯。
優點：讀長比較長，對拼接類的應用有明顯優勢；
缺點：通量低，測序成本貴； 測序錯誤率高；
當然，如果 pacbio能持續優化它的缺點，這個技術的應用面肯定會不斷拓寬。例如，他們最新版本的測序儀在測序通量和成本上都有明顯的進步。我還是比較看好這個技術的。
這個技術是否選擇使用，還是看研究目的：
1. 對於de novo拼接為目的的研究，
例如：全基因組de novo ,轉錄組de novo ,拼接的質量（完整性、拼接正確性） 比 個別鹼基的準確性更重要。
這個時候，三代測序技術還是有明顯優勢的。
2. 如果以定量為目的的研究，
例如 rna-seq(表達譜)、chip-seq 等，我們關心的是利用reads 推算豐度資訊，
這個時候，當然使用測序**昂貴的三代技術 是毫無必要的。
3. 如果以檢測小型突變（snp，indel）為目的的研究，例如，重測序，目前使用三代技術顯然不靠譜。
在實際使用的時候，常常也會選擇
二、三代技術混合使用的策略，原因是：
1. 當然，目前pacbio 實在太貴了，在需要大資料的時候，存粹三代的資料也會導致成本太高，往往會選擇二三代混合使用。
2. 兩者各有優缺點，混合使用實現優勢互補。
例如，大基因拼接的時候，會使用二代測序 + 三代測序的策略。
三代的pacbio的確對 de novo拼接的補洞有非常好的效果，但成本太高。
而二代技術測序便宜，同時二代測序的資料可以對三代的結果有糾錯的作用。
如果你的轉錄組研究需要de novo，且對拼接質量有很高的預期，也可以考慮僅僅使用三代資料拼接（拼接處近似全長的轉錄本），但做定量的時候建議還是使用二代技術（便宜）。
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