基因晶元的分類
基因晶元按領域分類主要可以分為：
在snp晶元領域，illumina公司憑藉goldengate技術和infinium技術佔主要地位。affymetrix儘管也有snp晶元，但是仍無法和illumina公司相比。
基因表達譜晶元領域，affymetrix公司的晶元最為著名，agilent和illumina公司的晶元也很好。
1.公司的歷史
2.affymetrix公司的晶元技術
affymetrix公司的基因表達譜晶元是最著名的。
它的表達晶元分為傳統的in vitro transcription晶元（ivt）和新一代的whole transcription 晶元（wt）
傳統ivt晶元比較經典的是human u133 , mouse u430，rat u230 以及 primeview&almac xcel （**經濟）晶元
新一代wt晶元主要有human/rat/mouse gene 1.0 st （基因），human/rat/mouse exon 1.0 st（外顯子），hta 2.0
3.affymetrix基因表達譜晶元技術的原理
這個連線講的通俗易懂很明白了
4.對affymetrix的這幾種基因表達譜晶元進行比較
5.affymetrix晶元資料的處理方法
我們通過晶元實驗獲取資料需要兩個步驟：
幾個概念探針組（probe set）:來自於同乙個基因的探針對的集合。乙個基因通常由11對或20對探針組成。affymetrix晶元原始資料最常用格式為cel格式，這是我們處理晶元資料的出發點。因為affymetrix公司的晶元分為傳統的ivt晶元和新一代的wt晶元，所以針對這兩種晶元平台產生的資料，我們需要用不同的r包來進行讀取。舊版晶元用affy包讀取cel檔案資料，新版晶元用oligo包讀取cel檔案資料。cel檔案：儲存每個探針的訊號值和定位資訊的檔案。
cdf檔案：基因晶元探針排布的資訊（哪個探針來自哪個探針組）
probe檔案：提供探針的序列資訊
讀取和資料預處理方式參考： ； ；
更多參考資料
基因晶元資料的標準化
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