學習生物資訊，linux是必須掌握的內容，其實常用的linux命令也就30個左右，而且這些命令都是單詞的簡寫，記憶起來並不困難。從這次內容開始，我們將詳細介紹這30個左右的命令。
1、cd
cd：change directory
修改工作目錄，cd和ls應該是使用最多的兩個命令，尤其是對於linux目錄結構不熟的使用者。
cd / #進入根目錄
cd - #返回上次的目錄
cd #返回home目錄
cd ~ #返回home目錄
cd …/ # 返回上一級目錄
2、ls
ls：list files
-a 列出包括.a開頭的隱藏檔案的所有檔案
-a 通-a，但不列出".「和」…"
-l 列出檔案的詳細資訊
-c 根據ctime排序顯示
-t 根據檔案修改時間排序
—color[=when] 用色彩辨別檔案型別 when 可以是』never』、'always』或』auto』其中之一
3、pwd
print working directory
$pwd
/home/wangtong
4、sh
script
執行指令碼的命令，指令碼是包含很多命令的乙個檔案，sh 這個檔案，就可以之和執行，例如目錄下有個多個s**件，就可以一次執行。
$ sh a1.index.sh;
sh a2.fasqc.sh
5、cp
cp: copy file
拷貝並貼上檔案
-b 覆蓋前做備份
-f 如存在不詢問而強制覆蓋
-i 如存在則詢問是否覆蓋
-u 較新才覆蓋
-t 將多個原始檔移動到統一目錄下，目錄引數在前，檔案引數在後
cp a1.index.sh
a2.index.sh
6、mv
mv: move file
移動檔案，相當於windows下的剪下貼上，如果剪下貼上到同一目錄下，則為重命令。
-b 覆蓋前做備份
-f 如存在不詢問而強制覆蓋
-i 如存在則詢問是否覆蓋
-u 較新才覆蓋
-t 將多個原始檔移動到統一目錄下，目錄引數在前，檔案引數在後
mv a1.index.sh …/
7、rm
rm: remove file
刪除檔案
-r 刪除資料夾
-f 刪除不提示
-i 刪除提示
-v 詳細顯示進行步驟
注意！命令列模式下刪除檔案不可恢復。
rm -rf *.fna #刪除目錄下所有以.fna結尾的檔案
8、ln
ln: link files
建立連線檔案，包括軟連線和硬鏈結，一般軟連線比較常用，相當於windows下的快捷方式。
-s 建立軟連線
-v 顯示詳細的處理過程
ln -s /ifs1/example ./ #為/ifs1/example目錄在當前目錄下建立乙個快捷方式
9、vim
vim是linux系統自帶的文字編輯器，可以理解成為windows系統下的word軟體。
:w filename 將文章以指定的檔名儲存起來
:wq 儲存並退出
:q! 不儲存而強制退出
命令列模式功能鍵
1）插入模式
按「i」切換進入插入模式「insert mode」，按"i"進入插入模式後是從游標當前位置開始輸入檔案；
按「a」進入插入模式後，是從目前游標所在位置的下乙個位置開始輸入文字；
按「o」進入插入模式後，是插入新的一行，從行首開始輸入文字。
2）從插入模式切換為命令列模式
按「esc」鍵。
3）移動游標
vi可以直接用鍵盤上的游標來上下左右移動，但正規的vi是用小寫英文本母「h」、「j」、「k」、「l」，分別控制游標左、下、上、右移一格。
按「ctrl」+「b」：螢幕往"後"移動一頁。
按「ctrl」+「f」：螢幕往"前"移動一頁。
按「ctrl」+「u」：螢幕往"後"移動半頁。
按「ctrl」+「d」：螢幕往"前"移動半頁。
按數字「0」：移到文章的開頭。
按「g」：移動到文章的最後。
按「$」：移動到游標所在行的"行尾"。
按「^」：移動到游標所在行的"行首"
按「w」：游標跳到下個字的開頭
按「e」：游標跳到下個字的字尾
按「b」：游標回到上個字的開頭
按「#l」：游標移到該行的第#個位置，如：5l,56l。
4）刪除文字
「x」：每按一次，刪除游標所在位置的"後面"乙個字元。
「#x」：例如，「6x」表示刪除游標所在位置的"後面"6個字元。
「x」：大寫的x，每按一次，刪除游標所在位置的"前面"乙個字元。
「#x」：例如，「20x」表示刪除游標所在位置的"前面"20個字元。
「dd」：刪除游標所在行。
「#dd」：從游標所在行開始刪除#行
5）複製
「yw」：將游標所在之處到字尾的字元複製到緩衝區中。
「#yw」：複製#個字到緩衝區
「yy」：複製游標所在行到緩衝區。
「#yy」：例如，「6yy」表示拷貝從游標所在的該行"往下數"6行文字。
「p」：將緩衝區內的字元貼到游標所在位置。注意：所有與"y"有關的複製命令都必須與"p"配合才能完成複製與貼上功能。
6）替換
「r」：替換游標所在處的字元。
「r」：替換游標所到之處的字元，直到按下「esc」鍵為止。
8）更改
「cw」：更改游標所在處的字到字尾處
「c#w」：例如，「c3w」表示更改3個字
10、mkdir
mkdir：make directory
建立資料夾
-p 遞迴建立目錄，若父目錄不存在則依次建立
-m 自定義建立目錄的許可權
-v 顯示建立目錄的詳細資訊
mkdir rnaseq #建立乙個名為rnaseq的目錄
生物資訊常用30個Linux命令（二）
學習生物資訊，linux是必須掌握的內容，其實常用的linux命令也就30個左右，而且這些命令都是單詞的簡寫，記憶起來並不困難。從這次內容開始，我們將詳細介紹這30個左右的命令。11 cat cat concatenate 連線 cat的乙個作用是檢視檔案，一般是比較小的檔案，行數小於乙個螢幕，最多...
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生物資訊中linux常用命令（一）
首先你先有乙個linux的環境 ssh username hostip 例如 ssh zhang 172.16.138.89pwdcd test cd ls llls s ls wc wmkdir test mkdir p newdir childdir rm test rm rf test rmd...