VMD建模得到模型

2.vesta中擴成 nxnxn ——匯出pdb

3.vmd以生成的pbd為基礎建模，移動，加水，合成乙個整體，加個盒子並匯出data

3.1選擇模型移動

並寫出移動後的pdb

3.2.加水

（見我另一條部落格）

3.3.合併

各部分pdb並寫出模型pdb

#開啟另乙個檔案，並疊加到第乙個檔案結構上：mol addfile filename.pdb

3.4.建立晶格(盒子）

及週期性

pbctools : 

pbc set  或 pbc set  【手動定義盒子，需要上一步晶格引數】

pbc box –on【顯示盒子#也可不顯示】
pbc box -center origin【設定盒子的中心位置為，而預設的盒子點在盒子角上】
pbc wrap –all【將粒子折回盒子內】
pbc wrap -shiftcenterrel 我們希望wrap後坐標的中心在處，然而，預設情況下，wrap的中心在處，所以我們要將其平移回來！
pbc box -center origin -style tubes -width 1 -color gray【設定盒子中心，線性，線寬， 顏色】
pbc join res -border 5 【接上由於pbc導致的盒子邊界處的斷鍵】

3.6.定義生成檔案位置並寫出data檔案

（見我另一條部落格）缺鍵，角，鍵長等資訊，需要手動新增

（老師說可以vmd生成psf檔案，來補全資訊。具體因為個人電腦原因還沒操作）

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