FASTA Q序列處理神器 seqkit

該軟體對於處理fasta/q十分方便，省去自己編寫指令碼

1 conda install seqkit

1

## 取方向序列
2 seqkit   seq  test.fa   -r  >test_re.fa34
## 取互補序列
5 seqkit   seq   test.fa  -p  >test_com.fa67
## 取方向互補序列
8 seqkit   seq   test.fa  -r  -p  >test_re_com.fa910
## rna---> dna序列
11 seqkit   seq  test.fa   rna2dna     >test_dna.fa
1213
## 小寫字母輸出
14 seqkit  seq  test.fa  -l  >test_lower.fa
1516
## 大寫字母輸出
17 seqkit   seq   test.fa  -u >test_upper.fa
1819
## 指定每行序列的輸出長度(為0的話，代表為一整行，預設的輸出 長度是60個鹼基)
20 seqkit  seq  test.fa  -w  10  >test_10.fa  (指定序列的長度為10)
2122
## 將多行序列轉換為一行序列
23 seqkit   seq  test.fa   -w   0   >test_w.fa
2425
## 只輸出序列
26 seqkit   seq  test.fa  -s  -w 0 >test_seq.fa
2728
## 將只輸出的序列的，指定每行輸出的鹼基數
29 seqkit   seq  test_seq.fa  -s  -w 40 > test_seq40.fa

1

## 將fataq檔案轉化為fasta格式.
2 seqkit fq2fa   test.fq   -o   test.fa34
## 將fasta格式轉化為tab格式
5 seqkit  fx2tab  test.fa >  test_tab.fa (沒有seq引數)

1

## 序列鹼基含量
2 seqkit  fx2tab  -l  -g  -n  -i  -h  test.fa34
## 序列長度的整體分布統計
5 seqkit  stat  test.fa

1

## 給定基因名字，gene.txt; 從基因所對應的fasta檔案提取序列; 
2 seqkit grep -f gene test.fa |seqkit seq -i >gene.fa
3 ## 引數
4 -i: 只輸出id，後面的資訊不輸出，比如長度等資訊
				
seq與Shell序列生成
oracle scaqad02adm01 lstorm t.sh12 345 oracle scaqad02adm01 lstorm cat t.sh usr bin sh set o nounset amount workload 5 for i in seq amount workload do...
				
seq與Shell序列生成
有時候可能有這樣的需要 用shell生成類似0001這樣的序列作為批次號，這裡整理了一下個人的方法 seq命令可以生成從某個數字到遞增到另一數字的序列。用法如下 seq help usage seq 選項 尾數 or seq 選項 首數 尾數 or seq 選項 首數 增量值 尾數 print nu...
				
linux列印數字序列命令     seq
seq命令用於以指定增量從首數開始列印數字到尾數，即產生從某個數到另外乙個數之間的所有整數，並且可以對整數的格式 寬度 分割符號進行控制。seq 選項 引數 f,format 格式 使用printf 樣式的浮點格式 s,separator 字串 使用指定字串分隔數字 預設使用 n w,equal w...