scRNA seq資料獲得(R包scRNAseq)

2022-07-01 11:45:12 字數 455 閱讀 8905

r bioconductor中的scrnaseq資料報是專門提供scrna-seq資料的包。

scrna-seq包提供了乙個方便的途徑來獲得公開的資料集,這些資料集是以singlecellexperiment

格式儲存的。

library(singlecellexperiment)

library(scrnaseq)

fluidigm <- reprocessedfluidigmdata()

fluidigm

檢視表達資料矩陣:

assay(fluidigm)
可獲得的資料集可以分為兩類,第一類包含表達矩陣,由scrnaseq作者從每個實驗得到的原始

測序資料產生的,這些包括:

暫時用不上,略

R語言常用資料探勘包

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基於R的資料探勘的包

聚類 常用的包 fpc,cluster,pvclust,mclust 基於劃分的方法 kmeans,pam,pamk,clara 基於層次的方法 hclust,pvclust,agnes,diana 基於模型的方法 mclust 基於密度的方法 dbscan 基於畫圖的方法 plotcluster,...