蕁蕁●中國科學院化學研究所博士
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●linux shell學習
●gaussian計算
●gromacs
●分子動力學模擬
今天專述一下分子動力學模擬主流軟體gromacs的安裝。
第一步注意：由於4.6.x及其以上版本和4.5.x及其以下版本使用的安裝方式完全不同，5.1.x使用cmake(cross platform make)編譯，方便很多。
參考**：
第二步進行安裝按照以下指令：
tar xfz gromacs-5.1.4.tar.gz
cd gromacs-5.1.4
mkdir build
cd build
cmake .. -dgmx _build_own_fftw=on
make
sudo make install
第三步新增環境變數
在我的資料夾裡，比如說home/xunxun(舉個例子)
終端控制台輸入：
cd ~
ls -a (列舉當前目錄下所有檔案)
就能看到檔案.bashrc了。
vi .bashrc
在最後一行添上：
export path=/usr/local/gromacs/bin:$path
儲存退出wq
執行：source .bashrc讓path路徑生效。
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linux shell 學習
擅長編寫執行任務的指令碼，還在學習，我會分享我看到的好的內容分享到這裡。
gaussian 計算
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gromacs
本人擅長gromacs軟體進行全原子分子動力學模擬。各種報錯問題都有經驗，為你答疑解惑。
分子動力學模擬
本人擅長全原子動力學模擬，主要研究方向是有機太陽能電池材料。擅長使用gromacs軟體，vmd軟體，並能用gaussian計算電子性質。
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